Välipäiväprojektista kansalliseksi hankkeeksi – ketterää tietojärjestelmäkehitystä museossa

Tämä on tarina siitä kuinka aloittamastani muutaman päivän projektista kasvoi kansallinen tietojärjestelmä ja epämuodollinen Suomi-Ruotsi -maaottelu, ja kuinka samalla puolihuomaamatta kehitin itselleni uuden työnkuvan. Juttu on pitkä ja alkaa taustoilla. Voit hypätä myös vuoteen 2009, jolloin järjestelmä sai alkunsa. Tietokantojen monimuotoisuus Yleisölle avoimet näyttelyt ovat näkyvin osa luonnontieteellisiä museoita, mutta suurin osa museoissa tehtävästä työstä liittyy […]

Lue lisää »

Trouble and solutions with museum specimen identifiers

(First published Aug 13th 2015, edited Oct 26th 2015) After reading a few articles discussing the troubles with museum specimen identifiers (Guralnick et. al. 2014, 2015), I decided to write down how we have managed identifiers at the Finnish Museum of Natural History, and what kind of solution we have come up with. We are currently […]

Lue lisää »

Heatmaps

Heatmap (’lämpökartta’) on tapa esittää paikkaan sidottua määrällistä dataa. Ideana on että datan ’tiheys’ esitetään väreillä, esimerkiksi niin että harvassa olevat datapisteet näkyvät kartalla vihreänä alueena, tiheämmässä olevat keltaisena ja kaikkein tiheimmät punaisella (perinteinen väriskaala, joka ei kuitenkaan ole selkeä värisokeille). Tämä on selkeämpi esitystapa verrattuna pelkkien pisteiden sijoittamiseen kartalle, etenkin jos pisteitä on paljon ja ne […]

Lue lisää »

Simple collection management system ”Hyntikka”

I’m building a simple collection management system Hyntikka* to be used mainly (or first) with insect collections of the Finnish Museum of Natural History. We currently don’t have any such system in place for insects. Plans to get (build/buy/modify) a more sophisticated museum-wide system are underway, but a practical system for insects is needed asap. […]

Lue lisää »

Zoterolla verkkoviitteet talteen

Tavallisten suosikkien hallinta selaimessa tuntuu usein hanakalalta, mutta vielä työläämpää on hallita tieteellisiä lähdeviitteitä. Niistä kun pitäisi tallentaa otsikon ja osoitteen lisäksi myös tekijän nimi ja lukupäivämäärä, mielellään myös koko sisältö siltä varalta että alkuperäinen katoaa verkosta. Avuksi tässä tulee Zotero, Firefoxin lisäpalikka, jolla voi tallettaa viitteitä yhdellä ja kokonaisia sivuja muutamalla klikkauksella. Zotero osaa […]

Lue lisää »

Uutta kybertaksonomiassa

”Kybertaksonomia” on taksonomisen tutkimuksen tekemistä käyttäen apuna uutta (verkko)tekniikkaa ja biodiversiteetti-informatiikka luonnon monimuotoisuuden tutkimista laskennallisin menetelmin. Kävin joulukuun alussa seminaarissa, jossa esiteltiin alan uusia tuulia ja työkaluja. Tässä minitiivistelmät osasta esityksiä. (Varsinaiset tiivistelmät seminaarin sivuilla.) Why aren’t we there yet? The failures of biodiversity informatics, Roderic D. M. Page Biodiversiteetti-informatiikka ei ole täyttänyt lupauksiaan. Datan […]

Lue lisää »

Taksonomian ongelmia ja eräs parannusehdotus

Eliöiden kuvailu ja luokittelu on monimutkaista. Eliölajeja on paljon ja niistä vain pieni osa tunnetaan nykyään. Tieteellisesti on kuvattu noin 1,8 miljoonaa eliölajia, mutta kaikkiaan lajeja arvioidaan yleensä olevan jotain 7-15 miljoonan väliltä (jotkin arviot yltävät 100 miljoonaan). Luonto ei myöskään aina sovi ihmisen havittelemaan selkeään muottiin, vaan eliöt kulkevat omia polkujaan. Aina ei ole […]

Lue lisää »

Mikroformaatti lajinimille

Mikroformaatteihin tutustuessani löysin biologien kannalta mielenkiintoisen luonnoksen. Species-mikroformaattia (nimi muuttumassa) suunnitellaan eliöiden (taksonien) nimien merkkaamiseen. Mikroformaatti mahdollistaisi nimien helpon poimimisen html-sivusta ja sen käsittelemisen koneelisesti. Yksi aiemminkin pohtimani sovelluskohde olisi lintujen nimien automaattinen suomennos: automaattiskripti (esim. Firefox extension tai Greasemonkey-skripti) voisi poimia verkkosivujen tekstistä lintujen tieteelliset ja englanninkieliset nimet, tehdä niillä haun suomenkieliseen nimilistaan ja […]

Lue lisää »

Biologisten näytekuvien hallinta

Yhteenveto artikkelista Crick, M.. 2005: Image File Management. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 41-55. Stuttgart. Saatavissa verkosta. Digitaalisten kuvatiedostojen hallinta on tärkeä osa biologisten näytteiden valokuvausprosessia. Hallinnassa tulee ottaa huomioon Kuvaformaatit Tiedostojen varastointi […]

Lue lisää »