Yhteenveto artikkelista Crick, M.. 2005: Image File Management. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 41-55. Stuttgart. Saatavissa verkosta. Digitaalisten kuvatiedostojen hallinta on tärkeä osa biologisten näytteiden valokuvausprosessia. Hallinnassa tulee ottaa huomioon Kuvaformaatit Tiedostojen varastointi […]
Bio-info
Bioinformatiikka
Biologisten näytevalokuvien metadata
Yhteenveto artikkelista Morris, R. A. 2005: Image metadata standards and practices. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 19-34. Stuttgart. Saatavissa verkosta. Artikkeli antaa suosituksia tyyppinäytteistä otettavien valokuvien metadatasta: mitä tietoja kannattaa tallentaa ja mihin […]
Sähköiset tyypit (E-Types)
Yhteenveto artikkelista Speers, L.. 2005: E-Types – A New Resource for Taxonomic Research. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 13-18. Stuttgart. Saatavilla verkosta (PDF) Maailman eliölajeista on eri arvioiden mukaan tieteellisesti kuvaamatta 50–98 %. […]
Tyyppinäytteet verkkoon
Vapaamuotoinen yhteenveto artikkelista Häuser, C. L. & Scoble, Malcolm, J. 2005: Introduction. In: HÄUSER et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 1-6. Stuttgart. Saatavilla verkosta. Taksonomia on tieteenala, joka järjestelee eliöitä hierarkkiseen ”sukupuuhun” niiden kehityshistorian mukaan. Tähän […]
Älykkään taksonomisen tiedon välitys LSID:n ja RDF:n avulla
Tiivistelmä artikkelista Page, Roderic D. M. 2006: Taxonomic Names, Metadata, and the Semantic Web. Biodiversity Informatics, 3, 2006, pp. 1-15. [viitattu 2006-09-01] Nykyään on olemassa runsaasti erilaisia taksonomista tietoa käyttäviä tietokantoja. Ongelmana on että niiden käyttämä nimistö eroaa toisistaan ja jopa saman tietokannan sisällä (samasta lajista voidaan käyttää eri nimiä). Lisäksi tietokannat eivät yleensä ole […]
Life Science Identifiers (LSID)
(Jatkossa tämän jutun kaltaiset bioinformatiikkaan liittyvät tekniset artikkelit löytyvät aiheen bio-info alta. Bio-aiheen alla julkaisen luontoon, ympäristöön tai yleisbiologiaan liittyvät jutut. Voit halutessasi lukea vain yhtä aihealuetta RSS-virtana.) LSID on standardoitu URN (Uniform Resource Name) -protokolla (protocol, spesification, scheme), joka tarjoaa yksiselitteisen tavan erilaisten biologisten tietovarantojen (data resources) nimeämiseen ja tunnistamiseen. Jokaiselle nimettävälle kohteelle annetaan […]
Eläinten sukupuu
Taksonomia on tieteenala, joka järjestelee maapallon miljoonia eliölajeja hierarkkisiin ryhmiin niiden sukulaisuussuhteiden (kehityshistorian, evoluution) mukaan. Yleisimmin käytettyjä luokittelutasoja on seitsemän (kunta, pääjakso, luokka, lahko, heimo, suku ja laji), mutta niiden väliin mahtuu monta alajaksoa ja yläheimoa, joilla luokittelua voidaan tarkentaa. Kaikkien ryhmien sukulaisuussuhteita ei tunneta edes suunnilleen, mikä vaikeuttaa eliöiden sukupuun hahmottamista. Kattavan yleiskuvan saaminen […]