Bio -arkisto
Kevät!
25.4.2008 klo 20.57 • Aihe: Bio, Kuva • Kommentoi
Tästä alkaa biologin mielestä vuoden paras kausi. Uusia kuvia Picasa/Autoviewer-galleriassa: http://www.biomi.org/gallery/kevat/
Täytynee tehdä Picasaan oma sivupohja; kaikissa valmiissa sivupohjissa olisi jotain viilattavaa.
Tuomen (Prunus padus) avautuvia lehtiä.
Miellyttävä sienikovakuoriainen
15.3.2008 klo 7.02 • Aihe: Bio, Kuva • 1 kommentti
Eläinmuseon kokoelmissa törmää mielenkiintoisen näköisiin eläimiin. Eilen valokuvasin kuvakuoriaisia C. G. Mannerheimin 1800-luvulta peräisin olevasta kokoelmasta. Yllättävimmän muotoinen oli tämä n. 20 mm pitkä (ja melkein yhtä korkea!) Brasiliasta kerätty kovakuoriainen:
Etiketin mukaan laji on Erotylus debauvei Demay. Tämä kuitenkaan tuskin on lajin nykyinen nimi, sillä Google ei löydä nimellä yhtään sivua. Sen sijaan useamman lähteen […]
Elämän tietosanakirja
29.2.2008 klo 19.31 • Aihe: Bio, Web • Kommentoi
Encylopedia of Life julkaistiin tällä viikolla. Projektin tarkoituksena on koota tietosanakirja, jossa on oma sivu kaikille maailman eliölajeille. Tavoite on että kaikki n. 1,8 miljoonaa tähän mennessä tunnettua lajia ovat mukana kymmenen vuoden kuluttua. Näin aluksi julkaistiin laajemmat sivut paristakymmenestä ja suppeammat n. 30.000 lajista.
Onnistuuko kilpailu Wikipedian kanssa? Tämä tuli mieleen kun ensimmäisen kerran kuulin […]
Talvista luontoa
31.1.2008 klo 18.06 • Aihe: Bio • Kommentoi
Vuoden kylmin kuukausi alkaa huomenna, mutta sää muistuttaa lähinnä kevättä. Tämä näkyy myös kasveissa: Kaisaniemen kasvitieteellisessä puutarhassa kukkivat kevätesikko ja näsiä. Savelassa pähkinäpensas kasvatti hedekukkiaan jo muutama viikko sitten. Hatikassa on ollut tammikuulta havaintoja myös kukkivista keto-orvokeista. Nämä kasvit kukkivat tavallisesti keväällä heti kun lämpötila nousee tarpeeksi korkealle. Nyt lämpötila ei antanutkaan todenmukaista kuvaa […]
Tutkimusmatkailua
16.10.2007 klo 22.06 • Aihe: Bio • 1 kommentti
Lintuharrastustapoja on melkein yhtä monta kuin harrastajiakin, vaikka media helposti niputtaakin kaikki linnuista kiinnostuneet harvinaisuuksien perässä juokseviksi bongareiksi,. Useimmissa lintuharrastajissa on kylläkin sen verran bongaria, että retkeily suunnataan paikoille, joilla muutkin ovat nähneet paljon lintuja. Luontohavaintojärjestelmät (lintuharrastajilla Suomessa etenkin Tiira, virossa Hatikka) tuovat tähän apua: niiden avulla lintukeskittymät selviävät helposti. Samalla syntyy harrastajakeskittymiä: kauniina kevätviikonloppuna […]
Uuden tekniikan epätekniset haasteet
26.9.2007 klo 21.41 • Aihe: Bio, Web • Kommentoi
Pikku hiljaa minulle on tullut selväksi, että kun kehitetään uudenlaista tietojärjestelmää, eivät suurimpana haasteena välttämättä olekaan tekniset asiat, vaan periaatteelliset kysymykset. Suomalaisiin luontohavaintojärjestelmiin Hatikkaan ja Tiiraan liittyen pohdintaa on aiheuttanut etenkin niihin tallennettavien havaintotietojen omistus- ja käyttökysymykset (ks. esim. keskustelua Lintuverkossa).
Molemmat järjestelmät keräävät luontohavaintoja suurelta yleisöltä, mutta tekevät tämän hieman eri periaattein. Eroja löytyy etenkin […]
Avoin tiede – lyhyt johdatus
30.8.2007 klo 21.55 • Aihe: Bio • 1 kommentti
Avoimen lähdekoodin tietokoneohjelmat ovat jo vanha juttu. Viime aikoina samankaltainen avoimuus ja vapaus ovat levinneet muillekin aloille ja nyt pinnalla tuntuu erityisesti olevan avoin tiede (open science, open source science).
Virallista tai yleispätevää määritelmää avoimelle tieteelle ei ole, mutta usein viitataan Wikipedian artikkeliin, joka määrittelee avoimen tieteen avoimien asenteiden soveltamiseksi tieteessä. Bill Hooker antaa avoimen tieteen […]
Toivomuslista biologia- ja luontoaiheisista verkkosivustoista
25.1.2007 klo 23.49 • Aihe: Bio • 2 kommenttia
Unelmia ja toivomuksia luonnon ja webin yhdistämisestä - näiden toivoisin olevan olemassa Suomessa:
Luontopaikkawiki
Wiki-periaatteella toimiva sivusto Suomen (ja miksei muunkin maailman) luontopaikoista. Voisi esitellä mielenkiintoisia paikkoja lähiluonnosta suuriin alueisiin; lähiön takametsästä kansallispuistoihin. Mukana voisi myös olla alueisiin liittyviä ajankohtaisista tapahtumia (uuden suojelualueet, hakkuut arvokkailla metsäalueilla ym.).
Tällainen olisi minusta mielenkiintoinen erityisesti jos sattuisin olemaan uudessa paikassa […]
Kotipihan lintuja
21.1.2007 klo 12.37 • Aihe: Bio • 3 kommenttia
Birdlife Suomi järjestää jälleen ensi viikonloppuna pihabongaus-tapahtuman, jossa osallistujat tarkkailevat lintuja pihallaan tunnin ajan. Havaitut linnut ilmoitetaan sitten Birdlifelle, joka tekee tiedoista yhteenvedon ja arpoo osallistujien kesken lintuaiheisia palkintoja.
Eläinmuseolla on samantyyppinen seurantaprojekti: ruokintapaikkaseuranta. Siinäkin tarkkaillaan kotipihan ruokintapaikan lintuja (ja nisäkkäitä), mutta pihabongausta perusteellisemmin: seuranta kestää koko talven ja tehdään ennalta määrättyjen ohjeiden mukaan.
Kummallakin on […]
Perhosia, kasveja ja kirjoja
18.07.2006 • kommentteja 3
Kun lintuelämä on hiljentynyt kesän edetessä, biologin mielenkiinto siirtyy helposti muihin eliöryhmiin. Heinäkuu on hyvä aika tarkkailla esimerkiksi perhosia ja kasveja.
Mikä tekee suositun tiedeblogin?
10.07.2006 • kommentteja 0
Nature-lehti julkaisi listan 50 suosituimmasta tieteellisestä blogista ja kyseli viiden kärkiblogin kirjoittajien näkemyksiä siitä mikä on tehnyt heidän blogistaan suositun (ks. myös Pharyngula). Tässä yhteenvetoresepti suositun tiedeblogin ominaisuuksista:
Luontoa verkossa
08.07.2006 • kommentteja 0
Tänä vuonna Suomeen on ilmestynyt monia mielenkiintoisia luontoaiheisia verkkosivustoja:
Vanhoja eläinkirjoja
30.06.2006 • kommentteja 0
Bootstrap analysis (yksi parhaita biologiblogeja) esittelee meemissä vanhinta kirjaansa. Koska oma vanhin kirjani on eläinkirja, on tässä hyvä tilaisuus esitellä vanhoja suomalaisia eläinkirjoja vähän laajemmin.
Espoo top 5
• kommentteja 0
Pitkäksi ajaksi jäänyt kirjoittaminen on nostanut henkistä julkaisukynnystä, jota yritän nyt madaltaa meemiin osallistumalla. Taviokuurna ym. ovat listanneet Helsingin parhaita paikkoja, mutta koska kokemukseni Helsingistä on vielä rajallinen, siirrän aiheen tuttuun Espooseen. (Sitä paitsi monet pääkaupunkiseudun ulkopuolella asuvat kuitenkin lukevat Espoon Helsingin osaksi.) Siispä Espoon parhaat paikat epäjärjestyksessä:
Mustarastas ja entinen tikkametsä
28.03.2006 • kommentteja 0
Sunnuntai-illan retki Helsingin Pihlajamäen takametsiin aurinkoisessa ja tyynessä säässä toi kunnon tunteen keväästä. Mustarastas lauloi kuusen latvassa laskevan auringon valossa ja keltasirkku tiksutteli pensaikossa.
Suomen lintuatlas käynnistymässä
15.03.2006 • kommentteja 0
Sinäkin voit auttaa selvittämään Suomen lintujen levinneisyyttä!
Suomen kolmas lintuatlas on käynnistymässä, ja tänään avattiin lintuatlaksen tietojärjestelmä testikäyttöön osoitteessa www.lintuatlas.fi. Siellä harrastajat voivat tallentaa lintuhavaintojaan ja seurata atlaksen edistymistä.
Biologia- ja ympäristöalan podcasteja ja muita äänitteitä
23.02.2006 • kommentteja 1
Verkossa on tarjolla yhä enemmän myös biologiaan ja ympäristöön liittyviä podcasteja ja muita äänitteitä, tosin lähinnä englanniksi. Tässä omia suosikkejani:
Lajihavainnot tietojärjestelmiin – pohdintaa
20.02.2006 • kommentteja 0
Aiemmin sitten julkaisin yhteenvedot Lajihavainnot tietojärjestelmiin -seminaarin esitelmistä. Nyt seuraa pohdintaa samasta aiheesta seminaariesitelmiin ja loppukeskusteluun perustuen. Tiivistelmä pohdinnasta on alla, varsinainen pohdinta toisaalla.
Luontohavaintojen kerääminen verkossa
10.02.2006 • kommentteja 0
Verkossa on jo useita suomalaisia havaintojärjestelmiä ja muita sivustoja, jonne voi tallentaa tai lähettää omia luontohavaintojaan. Kehittyneimmät niistä ovat järjestelmiä, joihin tallennetut havainnot tulevat myös muiden käyttäjien näkyville. Näin havaintoja voi käyttää esim. retkikohteiden suunnittelussa tai vuodenaikojen etenemisen seuraamisessa. Tässä tuntemiani havaintojärjestelmiä. (päivitetty 10.7.2006)
Yhteenveto Lajihavainnot tietojärjestelmiin – seminaarista
01.02.2006 • kommentteja 1
Viime viikolla järjestettiin Turun yliopiston johdolla Lajihavainnot tietojärjestelmiin -keskusteluseminaari eliöhavaintojen keruusta Suomessa. Sain juuri valmiiksi yhteenvedot seminaarin esityksistä.
Jälkiä lumessa
22.01.2006 • kommentteja 0
Perjantain ja lauantain välisenä yönä Helsinkiin satoi kymmenen sentin kerros pehmeää pakkaslunta, joten viikonloppuna oli mainio keli eläinten jälkien etsimiseen. Koska nisäkkäitä on vaikea havaita (verrattuna esim. lintuihin), yhtenä niiden runsauden arvioinnin keinona käytetään lumijälkien laskentaa.
Verkkopäiväkirja luontohavainnoille
17.01.2006 • kommentteja 0
Luonnontieteellinen keskusmuseo julkisti viime viikolla Hatikka-havaintopäiväkirjan, jota minäkin olen ollut tekemässä. Luontoharrastajat voivat tallettaa siihen havaintojaan Suomesta ja ulkomailta.
Lajien talletus ennen ja nyt
07.11.2005 • kommentteja 0
1800-luvun luonnontieteilijän ja -harrastajan perusvarusteisiin kuului ase, jolla suuremmat eläimet voitiin ampua tarkempaa tutkimusta ja talletusta varten. Sittemmin harrastus on muuttunut lempeämmäksi aseen vaihduttua kiikareiksi, kaukoputkeksi tai kameraksi. Sen sijaan uutta lajia tieteelle kuvatessa on näihin päiviin asti ollut tapana tallettaa kuollut yksilö mallikappaleeksi (ns. tyyppinäytteeksi) museon tms. kokoelmiin.
Ilmastonmuutoksen vaikutukset eliöihin
03.11.2005 • kommentteja 2
Helsingin Viikissä on meneillään (to-pe) kansainvälinen seminaari ilmastonmuutoksen vaikutuksista erilaisilla mittakaavoilla. Seminaari pääsi YLE:n pääuutisiinkin.
Yksi yleinen kysymys liittyy ilmastonmuutosten historiaan. Ilmasto on muuttunut usein aiemminkin: maapallon historia on täynnä kylmempiä ja lämpimämpiä jaksoja. Mikä nykyisessä muutoksessa sitten on ihmeellistä ja pahaa?
Sarvipöllöjä satelliittikuvalla
19.10.2005 • kommentteja 0
Kesällä 2005 pääkaupunkiseudulla oli selvästi kesimääräistä enemmän myyriä, mikä näkyi myös niitä syövien sarvipöllöjen määrässä. Kun löysin itsekin yhden poikueen, päätin koota kaikki havainnot karttaesitykseksi.
Kommentointi käyttöön tiedelehdissä
14.10.2005 • kommentteja 0
Yksi avoimen tieteellisen julkaisun edelläkävijöistä, PLoS Biology -verkkolehti ottaa käyttöön toiminnon, jolla artikkeleihin voi vastata hieman blogeista tuttuun kommentointityyliin (Hemai Parthasarathy: Published and Not Perished). Tarkoituksena on saada artikkeleiden ympärillä käytävää keskustelua paremmin tallennettua ja julkistettua: nykyään keskustelu voi merkittävästi tapahtua suljettujen ovien takana ilman että sitä mitenkään merkitään muistiin.
Pannukakkumaa ja juustokuu
08.10.2005 • kommentteja 0
Painovoimateorian mukaan kappaleet vetävät toisiaan puoleensa. Tämän selityksen ongelmana on kuitenkin se, että silloin aurinko vetäisi maata puoleensa, jolloin ne törmäisivät toisiinsa. Asiantuntijat ovat mitanneet että törmäys tapahtuisi alle tuhannessa vuodessa, joten painovoimateoria ei voi pitää paikkaansa. Oletettavaa onkin että painovoima vetää kaikkia esineitä alaspäin. Tällöin ainoa selitys sille että Australialaiset eivät putoa maan pinnalta, on että maa on litteä.
Karhu, sääksi ja poppari
30.06.2005 • kommentteja 0
Jonkinlainen meemi tämäkin: keväällä Helsingin Sanomat kirjoitti säännöllisesti Juha-karhusta ja Eläinmuseon satelliittilähettimellä seuraamasta satelliittisääksi Mirjasta. Nyt Hesarin Nyt-liite seuraa satelliittipoppari Tuomasta!
Lintuja ja luontoa
07.06.2005 • kommentteja 0
Tähän aikaan vuodesta biologin tekee mieli maastoon. Kävin aamulla Espoon Suurpellolla tekemässä lintujen pistelaskennan.
Uutiskenguru?
03.06.2005 • kommentteja 0
Kesän tulon huomaa mm. uutisjuttujen aiheista. Nyt sanomalehtiä puhuttavat kenguruhavainnot.
Ilmastonmuutoksen vaikutus arktisiin vesi- ja kahlaajalintuihin (viimeinen)
17.04.2005 • kommentteja 0
Ilmastonmuutosta ja lintuja käsittelevien tiivistelmien sarjan päättää tiivistelmä artikkelista Zöckler, C. & Lysenko, I. 2000: Water Birds on the Edge – First circumpolar assessment of climate change impact on Arctic breeding water birds. WCMC Biodiversity Series No. 11. WCMC - World Conservation Press. <http://www.unep-wcmc.org/climate/waterbirds/> [2005-04-08].
Kaikkien täällä julkaistujen tiivistelmien perusteella pidän huomenna esitelmän aiheesta "Ilmastonmuutos ja arktiset linnut". Esitelmään liittyvän materiaalin julkaisen biologia-sivuillani. Katsotaan mitä opettajalla on sanottavanaan verkkojulkaistusta.
Jäälokki (Pagophila eburnea) on vähentynyt huomattavasti
• kommentteja 0
Tiivistelmä artikkelista Gilchrist, H. G & Mallory, M. L. 2005: Declines in abundance and distribution of the ivory gull (Pagophila eburnea) in Arctic Canada. – Biological Conservation 121:303–309.
Ilmastonmuutoksen mahdollisia vaikutuksia merilintulajeihin
• kommentteja 0
Tiivistelmä artikkelista Brown, R.G.B. 1991: Marine birds and climatic warming in the northwest Atlantic. pp. 49-54 teoksessa Montevecchi, W.A. and Gaston, A.J. (toim.) 1991: Studies of high-latitude seabirds. 1. Behavioural, energetic, and oceanographic aspects of seabird feeding ecology. – Occasional Paper Number 68. Canadian Wildlife Service. Koska alkuperäistä artikkelia ei ollut saatavilla, on tiivistelmä tehty teoksessa Boucher, J. J. & Diamond A. W. 2001: The Effects of Climate Change on Migratory Birds: an annotated bibliography. – Atlantic Cooperative Wildlife Ecology Research Network University of New Brunswick olleen tiivistelmän perusteella.
Ilmastonmuutoksen vaikutus lintuihin
• kommentteja 0
Tiivistelmä artikkelin Humphrey, Q. P. Crick 2004: The impact of climate change on birds. – Ibis 146 (Suppl. 1): 48-56 valikoiduista osista, täydennettynä viitteissä mainituilla artikkeleilla.
Sää vaikuttaa lintuihin monin tavoin. Nykyisen tietämyksen perusteella on selvää, että myös ilmastonmuutoksella on ollut vaikutusta lintuihin. Vaikutuksia ovat olleet aikaisempi pesintä sekä muutokset muuton ajoittumisessa, pesintämenestyksessä, kantojen koissa ja levinneisyydessä.
Virheet ilmastonmuutoksesta johtuvia levinneisyyden muutoksia ennustettaessa
13.04.2005 • kommentteja 0
Lyhyt tiivistelmä artikkelista Davis, A. J.; Jenkinson, L. S.; Lawton, J. H.; Shorrocks, B & Wood S. 1998: Making mistakes when predicting shifts in species range in response to global warming. – Nature 391:783-786.
Ilmastonmuutoksen vaikutus Iso-Britanniassa talvehtiviin kahlaajalintuihin
• kommentteja 0
Tiivistelmä artikkelista Rehfisch, M. M.; Austin G. E.; Freeman S. N.; Armitage, M. J. S & Burton, N. H. K. 2004: The possible impact of climate change on the future distributions and numbers of waders on Britain's non-estuarine coast. – .Ibis 146 (Suppl. 1):70-81.
Säätilan tiedetään vaikuttavan lintuihin, ilmasto on muuttunut viime vuosikymmeninä ja Iso-Britanniassa talvehtivien kahlaajalintujen määrä on laskussa. Mutta liittyykö ilmaston muutos lintujen määrän laskuun?
Antarktisen meriympäristön muutosten mahdollisia vaikutuksia lintuihin
12.04.2005 • kommentteja 0
Tiivistelmä osasta artikkelia Croxall, J. P. 2004: The potential effects of marine habitat change on Antarctic seabirds. – .Ibis 146 (Suppl. 1):90–91.
Ilmastonmuutoksen vaikutuksia arktisiin lintuihin
09.04.2005 • kommentteja 0
Tiivistelmä lintuja ja/tai maaeläimiä koskevista kohdista kirjaa Impacts of a Warming Arctic – Arctic Climate Impact Assessment (Hassol, Susan Joy 2004. Cambridge University Press 2004).
Ilmastonmuutos voi vaikuttaa eläinlajeihin paitsi suoraan myös monien luonnon mekanismien kautta. Tässä esitellään erilaisia ilmastonmuutoksen vaikutustapoja arktisiin lajeihin.
Ilmastonmuutos ja arktiset lajit
07.04.2005 • kommentteja 0
Tiivistelmä artikkelin Biodiversity, Distributions and Adaptations of Arctic Species in the Context of Environmental Change (Callaghan, T. V. ym. 2004. Ambio 33(7)404-417) valikoiduista osista.
Nykytietämys ilmastonmuutoksen vaikutuksesta lintuihin
06.04.2005 • kommentteja 0
Tiivistelmä artikkelista Linnut ja ilmastonmuutos, katsaus nykytietämykseen ja rengastajien rooliin tiedon kartuttamisessa - Toni Laaksonen 2004. Rengastajan vuosikirja 2004. Rengastustoimisto.
Lumen sulaminen muuttaa maailmaa
• kommentteja 0
Tiivistelmä artikkelista Kun ikirouta sulaa - Virve Pohjanpalo 2005. Yliopisto 53(3)8-14.
Kioto, ilmastonmuutos ja erimielisyys
16.02.2005 • kommentteja 0
Tänään on se päivä kun kasvihuonekaasupäästöjä rajoittava Kioton pöytäkirja astuu voimaan. Vaikka tieteellinen näyttö ilmastonmuutoksen olemassaolosta kasvaa kasvamistaan, julkisuudessa aiheeseen kuitenkin suhtaudutaan edelleen ristiriitaisesti. Sopivasti käteeni sattui artikkeli, jossa prof. Juhani Rinne pohdiskelee erimielisyyden syitä (Miksi julkisuudessa ollaan niin eri mieltä ilmastonmuutoksesta? Tieteessä tapahtuu 2/2003).
Lintujen levinneisyysalueiden rajat siirtyvät pohjoiseen
10.02.2005 • kommentteja 0
Olen aloittelemassa ympäristöbiologian seminaariesitelmää ja -kirjoitusta aiheesta ”Ilmastonmuutos ja arktiset linnut”. Kun kerran luen läpi kasan artikkeleita ja yritän niistä jotain ymmärtää ja muistaakin, taidan tehdä niistä saman tien yhteenvedot. Tässä ensimmäinen.
Vapaan lähdekoodin biologiaa
19.01.2005 • kommentteja 0
Mitä molekyylibiologian tutkija tekisi, jos alan parhaita tutkimuskohteita, työvälineitä ja menetelmiä ei saisi käyttää ilman mittavia lisenssimaksuja? Ongelma on todellinen: suuryritykset ovat patentoineet mm. DNA-sekvenssejä ja tutkimuksessa käytettäviä menetelmiä.
Siemenvilja = laitonta?
• kommentteja 2
Uuden kaupankäyntitavan sivuilmiöitä: siemenviljan säästäminen seuraavaan vuoteen on laitonta.
Kännykkälipun ympäristöhyödyt?
23.11.2004 •
Huvittava (biologin näkökulmasta) yksityiskohta Tietoyhteiskunnan parhaana käytäntönä palkitun kännykkälippupalvelun mainosvideosta: miesääni sanoo painokkaalla äänellä "Kännykkälippu vähentää myös ympäristörasitetta, koska paperilippua ei enää tarvita".
