<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<rss version="2.0"
	xmlns:content="http://purl.org/rss/1.0/modules/content/"
	xmlns:wfw="http://wellformedweb.org/CommentAPI/"
	xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
	xmlns:atom="http://www.w3.org/2005/Atom"
	xmlns:sy="http://purl.org/rss/1.0/modules/syndication/"
	xmlns:slash="http://purl.org/rss/1.0/modules/slash/"
	>

<channel>
	<title>biomi.org/blogi</title>
	<atom:link href="http://www.biomi.org/blogi/feed/" rel="self" type="application/rss+xml" />
	<link>http://www.biomi.org/blogi</link>
	<description>Blogi aiheinaan web, biologia, tiede, luonto ja valokuvaus.</description>
	<lastBuildDate>Thu, 01 Dec 2011 08:06:03 +0000</lastBuildDate>
	<language>en</language>
	<sy:updatePeriod>hourly</sy:updatePeriod>
	<sy:updateFrequency>1</sy:updateFrequency>
	<generator>http://wordpress.org/?v=3.3.1</generator>
		<item>
		<title>Sisätilasääasema ioBridgella</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2011/11/iobridge-mittari/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2011/11/iobridge-mittari/#comments</comments>
		<pubDate>Tue, 29 Nov 2011 21:04:01 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Yleinen]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=323</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Sis%C3%A4tilas%C3%A4%C3%A4asema+ioBridgella&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Yleinen&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2011-11-30&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2011/11/iobridge-mittari/&amp;rft.language=English"></span>
Hankin muutama viikko sitten ioBridge-moduulin ja siihen liitettävät lämpötila-, kosteus- ja valoisuussensorit. Nyt voin seurata olohuoneeni olosuhteita mistä tahansa! ioBridge-moduuli on modeemiin liitettävä laite, johon voi liittää 1-4 sensoria. Sensorit liitetään moduulissa oleviin liittimiin, jonka jälkeen niiden mittaama data näkyy moduulin &#8220;kanavilla&#8221; 1-4. Tämän jälkeen mittaustuloksiin käsiksi ioBridgen verkkopalvelun kautta. Sensoreiden tilalle voi kytkeä myös [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Sis%C3%A4tilas%C3%A4%C3%A4asema+ioBridgella&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Yleinen&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2011-11-30&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2011/11/iobridge-mittari/&amp;rft.language=English"></span>
<p>Hankin muutama viikko sitten <a href="http://iobridge.com/">ioBridge</a>-moduulin ja siihen liitettävät lämpötila-, kosteus- ja valoisuussensorit. Nyt voin seurata olohuoneeni olosuhteita mistä tahansa!</p>
<p><a href="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2011/11/iobridge_google_chart_example.png"><img src="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2011/11/iobridge_google_chart_example-300x159.png" alt="esimerkkikaavio" title="iobridge_google_chart_example" width="300" height="159" class="alignnone size-medium wp-image-324" /></a></p>
<p>ioBridge-moduuli on modeemiin liitettävä laite, johon voi liittää 1-4 sensoria. Sensorit liitetään moduulissa oleviin liittimiin, jonka jälkeen niiden mittaama data näkyy moduulin &#8220;kanavilla&#8221; 1-4. Tämän jälkeen mittaustuloksiin käsiksi ioBridgen verkkopalvelun kautta. Sensoreiden tilalle voi kytkeä myös muita analogisia tai digitaalisia laitteita, esim. servoja, X10-ohjaimia tai vaikka Arduinon, joita voi sitten ohjata tai seurata webin kautta.</p>
<p>Ensimmäinen projektini oli lämpö/kosteus/valoisuusloggerin rakentaminen kotiini. Tällaisella voi seurata esim. asuintilojen olosuhteita tai vaikka pakastimen lämpötilaa. Tässä yhteenveto mitä olen oppinut ioBridgen tekniikasta tähän mennessä. <a href="http://www.iobridge.net/wiki/start">Virallisessa ohjewikissä</a> on varsin kattavia ohjeita.</p>
<h3>Tiedot talteen API:n kautta</h3>
<p>Moduulin dataan pääsee käsiksi kahdella tavalla: ohjelmointirajapinnan (API) ja ioBridgen kojelaudan (dashboard) kautta. Käytin näistä itselleni tutumpaa eli ohjelmointirajapintaa. Oman moduulin tietoihin pääsee käsiksi antamalla rajapinnalle oman API key:n.</p>
<p>Tein skriptin, joka käy säännöllisesti hakemassa uusimman sensorien mittaaman datan rajapinnan kautta JSON-muodossa ja tallentaa sen MongoDB-tietokantaan (joka sopii mainiosti juuri tällaiselle datalle). Skripti ajetaan kymmenen minuutin välein cronjobilla.  Tietokannassa olevan datan perusteella voi sitten generoida monenlaisia kaavioita tai tilastoja. Kokosin tätä varten tekemäni <a href="https://github.com/mikkohei13/ioBridge-tools">työkalut Githubiin</a> muidenkin käytettäväksi.</p>
<p>Moduuliin ei siis pääse suoraan käsiksi, vaan sitä käytetään aina ioBridgen palvelimen kautta. Tämän ansiosta käyttäjän ei tarvitse välittää esim. muuttuvista IP-osoitteista. Laitteen voi myös siirtää vaikka kokonaan toiseen verkkoon ilman että asetuksia pitäisi muuttaa. (Uuden paikan nimi tai kuvaus kannattaa kirjata kojelautaan, sillä tällöin se tallentuu myös tietokantaan.)</p>
<h3>Huomioonotettavaa API:n käytössä</h3>
<p>Jos verkkoyhteys ei toimi oman ja ioBridgen palvelimen välillä, saattaa skripti hakea tyhjän JSON:in. Datan oikeellisuus on siksi aina tarkistettava ennen kun sitä käytetään tai tallennetaan. Oikeellisuuden voi tarkistaa esim. tarkistamalla onko [module][status]-kenttä olemassa.</p>
<p>Jos verkkoyhteys ei toimi moduulin ja ioBridgen palvelimen välillä, palautuu JSON:issa virheellisiä arvoja. Tämän takia kannattaa aina tarkistaa että [module][status]-kentän arvo on &#8220;Online&#8221;. Offline tarkoittaa että arvoihin ei voi luottaa.</p>
<p>Oma Saunalahden ADSL-yhteyden varassa toimiva moduulini on offline-tilassa 1-4 kertaa vuorokaudessa (kun dataa haetaan 10 min välein). En tiedä johtuvatko katkokset Saunalahdesta, ioBridgen palvelimesta vai jostain muusta.</p>
<h3>Kojelaudan käyttö</h3>
<p>Toinen tapa päästä käsiksi dataan on käyttää ioBridgen kojelautaa. Moduulille voi luoda sääntöjä, esim. määrätä sen lähettämään sensorin arvo palvelimelle minuutin välein. ioBridgen palvelimen voi sitten säätää reagoimaan moduulista tulevaan dataan, esim. lähettämään sen sähköpostitse tietyn raja-arvon ylittyessä. Näin dataa pääsee käyttämään ilman omaa ohjelmointityötä.</p>
<p>Sääntöjä ja toimintoja luodaan kojelaudassa wizard-tyyppisellä työkalulla. Koska vaihtoehtoja on paljon, ei oikean toiminnon löytäminen kuitenkaan ole aina helppoa. </p>
<p>API:n avulla tekemäni toiminnon voisi tehdä kojelaudan avulla seuraavasti:</p>
<p><strong>1)</strong> Määrää moduuli lähettämään data palvelimelle määrätyin väliajoin:<br />
<strong>1B)</strong> Tee moduuliin Onboard Rule &#8220;Push Update Rule&#8221; > Analog Input (Push at Interval).<br />
<strong>1B)</strong> Valitse kanava ja määrittele väliaika sekunteina.<br />
<strong>1C)</strong> Lopuksi Sync Rules, jolloin sääntö päivitetään moduuliin.<br />
<strong>2)</strong> Määrää palvelin tekemään saapuvalle datalle jotain<br />
<strong>2A)</strong> Tee Server Action &#8220;Analog Input Post&#8221;<br />
<strong>2B)</strong> Säädä Trigger value sellaiseksi, että Action suoritetaan aina kun haluat.<br />
<strong>2C)</strong> Täytä kentät esim.</p>
<p>http://posttestserver.com/post.php?dir=iob</p>
<p>humidity=%%input%%<br />
<strong>3)</strong> Tee skripti, joka ottaa POST-datan vastaan ja tekee sillä jotain (esim. tallentaa tietokantaan)</p>
<p>Nyt moduuli lähettää väliajoin datan ioBridgen palvelimelle, joka lähettää sen edelleen valitsemaasi paikkaan. Jos haluat tehdä datalla jotain vain kun tietyt ehdot täyttyvät (esim. lämpötila on korkeampi kuin määrätty arvo), voit tehdä tämän joko Server Actionissa tai omassa skriptissä.</p>
<p>Tällä mallilla on joitakin plussia ja miinuksia suhteessa API:iin</p>
<p><strong>Plussia</strong><br />
<strong>+</strong>Toimintoja pääsee hallitsemaan Dashboardin kautta.<br />
<strong>+</strong>Server Actionien avulla voi luoda toimintoja (esim, sähköpostihälytyksiä) ilman omaa ohjelmointia</p>
<p><strong>Miinuksia</strong><br />
<strong>-</strong>Sääntöjen ja toimintojen virittäminen on työlästä, etenkin jos haluaa saada datan useammalta kanavalta. Jokaiselle on tehtävä oma sääntö ja toiminto. Jos näitä haluaa muuttaa jälkikäteen, on vanha sääntö poistettava ja sen tilalle luotava uusi.<br />
<strong>-</strong>Moduuli voi lähettää vain kanavan arvon ja aikatiedon. Muihin tietoihin (esim. raaka-arvoon tai paikkatietoon) ei pääse käsiksi.</p>
<p><a href="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2011/11/iobridge_dashboard.png"><img src="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2011/11/iobridge_dashboard-300x212.png" alt="" title="iobridge_dashboard" width="300" height="212" class="size-medium wp-image-328" /></a></p>
<p>ioBridgen kojalauta: kanavien data ja asetukset. Lämpötilasensori on tässä korkea koska sensori on digiboksin päällä: lämpötilasta voi seurata milloin boksi on käynnissä (esim. toimiiko ajastettu tallennus).</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2011/11/iobridge-mittari/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>0</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Lintuatlas &#8211; 6 miljoonan euron joukkoistaminen</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2011/04/lintuatlas-joukkoistaminen/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2011/04/lintuatlas-joukkoistaminen/#comments</comments>
		<pubDate>Wed, 20 Apr 2011 12:48:00 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Bio]]></category>
		<category><![CDATA[Web]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=310</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Lintuatlas+%26%238211%3B+6+miljoonan+euron+joukkoistaminen&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio&amp;rft.subject=Web&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2011-04-20&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2011/04/lintuatlas-joukkoistaminen/&amp;rft.language=English"></span>
Viime viikolla julkaistiin Suomen 3. lintuatlaksen tulokset. Lintuatlaksessa on kyse pesimälintujen levinneisyyden kartoittamisesta. Suomi on jaettu sadan neliökilometrin ruutuihin, jonka jokaisen lajisto pyritään selvittämään mahdollisimman luotettavasti. Tuloksia voidaan käyttää mm. arvioitaessa levinneisyydessä tapahtuneista muutoksia. Konkreettisin tulos suuren yleisön näkökulmasta lienee lintukirjoissa olevat levinneisyyskartat. Lintuatlas on toteutettu Suomessa kahdesti aiemmin: ensin 1970- ja sitten 80-luvulla. Toteutustapa [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Lintuatlas+%26%238211%3B+6+miljoonan+euron+joukkoistaminen&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio&amp;rft.subject=Web&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2011-04-20&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2011/04/lintuatlas-joukkoistaminen/&amp;rft.language=English"></span>
<p>Viime viikolla julkaistiin <a href="http://atlas3.lintuatlas.fi/">Suomen 3. lintuatlaksen tulokset</a>. Lintuatlaksessa on kyse pesimälintujen levinneisyyden kartoittamisesta. Suomi on jaettu sadan neliökilometrin ruutuihin, jonka jokaisen lajisto pyritään selvittämään mahdollisimman luotettavasti. Tuloksia voidaan käyttää mm. arvioitaessa levinneisyydessä tapahtuneista muutoksia. Konkreettisin tulos suuren yleisön näkökulmasta lienee lintukirjoissa olevat levinneisyyskartat.</p>
<p>Lintuatlas on toteutettu Suomessa kahdesti aiemmin: ensin 1970- ja sitten 80-luvulla. Toteutustapa on ollut aina sama: vapaaehtoiset lintuharrastajat tekevät kartoitustyön. Tämä on välttämätöntä, sillä kenenkään raha ei riittäisi vastaavan työn teettämiseen palkattuna. Uusimmassa atlaksessa tehtiin yhteensä yli 1,1 miljoonaa lintuhavaintoa 3848 ruudusta. (Vain 11 ruutua jäi kartoittamatta, nämäkin olivat lähes saarettomia ulkomeren tai juuri ja juuri Suomen puolella sijaitsevia raja-alueen ruutuja.)</p>
<p>Saadakseni mittakaavaa hankkeelle yritin arvioida kuinka kallista havainnointityö olisi, jos sitä tehtäisiin vain palkattuna. Pohjaksi otin omien atlashavaintojeni määrän ja niiden keräämisen käytetyn ajan*. <strong>Karkean arvion tulos: 6,3 miljoonaa euroa</strong> (133 henkilötyövuotta). Aikamoinen joukkoistamishanke!</p>
<p>Lähes kaikkien merkittävien valtakunnallisten linnustonseurantahankkeiden havainnointi toteutetaan Suomessa vapaaehtoistyönä. Näitä ovat atlaksen lisäksi esim. talvilintu-, piste- ja vesilintulaskennat ja pesäkorttitutkimukset. Seurantojen organisointi, tulosten kokoaminen ja analysointi puolestaan tehdään yleensä palkattuna työnä. Lisäksi seurantahankkeita toteutetaan paikallisemmalla tasolla, esimerkiksi nyt on käynnissä Rovaniemen lintuatlas. Nämä tehdään usein kokonaan vapaaehtoisvoimin. Lisäksi vastaavia projekteja on muillakin eliöryhmillä kasveista hyönteisiin.</p>
<h3>Haasteita</h3>
<p>Ongelmana seurantahankkeissa on ollut osallistujien väheneminen. Harrastus muuttaa muotoaan: kartoituksiin osallistuminen tuntuu olevan vähenemässä uudempien harrastusmuotojen kustannuksella (valokuvaaminen, harvinaisuuksien bongaus).</p>
<p>Toisena haasteena on työvälineiden kehittäminen. Kahden ensimmäisen atlaksen havainnot kerättiin paperilomakkeilla vuosittain, kolmannessa atlaksessa havainnot kerättiin verkossa ja tulokset olivat näkyvillä reaaliajassa. Tietojärjestelmien kehittäminen kaikille erilaisille hankkeille on kuitenkin hankalaa. Kussakin hankkeessa kerätään hieman toisistaan poikkeavia tietoja, ja hankkeita on kymmeniä erilaisia. Hankkeista vastaavat myös lukuisat eri tahot (Luonnontieteellinen keskusmuseo, Suomen ympäristökeskus, tieteelliset yhdistykset, Riista- ja kalatalouden tutkimuslaitos, Metsähallitus ym.). Koordinoinnin puute on johtanut siihen, että kukin rakentaa järjestelmiä omaan käyttöönsä. Koordinointia ja kehitystyötä kyllä muutama vuosi sitten <a href="http://www.ymparisto.fi/default.asp?node=22629">esitettiin</a>, mutta rahaa toteutukselle ei tietääkseni ole löytynyt.</p>
<h3>Tilastoja</h3>
<p>Tilastot havainnointiaktiivisuuden jakautumisesta on mielenkiintoisia. Havaintoja tallensi kaikkiaan n. 1500 henkilöä. Heistä ktiivisimmat 10 % tallensi yhteensä >60 % havainnoista ja aktiivisin prosentti (15 henkilöä) 20 % havainnoista. (Nämä ovat alustavia tuloksia; tarkempien lukujen laskeminen vaatisi mm. yhdessä tehtyjen havaintojen huomioimista. Ilmoittajien lisäksi mukana oli monesti myös muita: yhteensä havaintoihin on kirjattu n. 5000 ihmisen nimi.)</p>
<p>Mielenkiintoista katsottavaa on myös havaintomäärien kertymisestä kertova kaavio. Lintuatlashavaintoja tehdään etenkin kesä-heinäkuussa, parhaimmillaan yli 4000 päivässä. Havaintoja kertyy vuosi vuodelta vähemmän: osallistuvat kyllästyvät atlakseen, ja toisaalta näkevät että suurin osa ruuduista alkaa jo olla kartoitettu riittävän hyvin. Koska tallentajia on paljon, on myös erilaisia tapoja käyttää tallennusjärjestelmää. Monet ovat kirjanneet tallennuspäivän havaintopäivämäärän tilalle (näkyy piikkeinä talvikaudella), mikä hankaloittaa datan käyttöä pesinnän ajoittumiseen tutkimiseen.</p>
<p><a href="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2011/04/havainnot_paivittain.png"><img src="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2011/04/600havainnot_paivittain.png" alt="" title="" width="600" height="423" class="alignnone size-full wp-image-313" /></a></p>
<h3>Lisätietoja</h3>
<ul>
<li><a href="http://www.biomi.org/blogi/2007/11/crowdsourcing-luonnon-monimuotoisuuden-seurannassa/">Laajempaa pohdintaa joukkoistamisesta ymp&auml;rist&ouml;alalla</a> (2007) </li>
<li><a href="http://www.biomi.org/blogi/2009/01/crowdsourcing-ymparistoalalla/">Joukkoistamisen merkitys ymp&auml;rist&ouml;alalla</a> (2009) </li>
<li><a href="http://taviokuurna.blogspot.com/2011/04/suomen-kolmas-lintuatlas.html">Atlaksen tuloksista ja osallistumisesta</a><br />
    (Taviokuurna-blogi)</li>
<li> <a href="http://atlas3.lintuatlas.fi/">Lintuatlaksen tulossivusto</a> (Luonnontieteellinen keskusmuseo)</li>
</ul>
<p>* Käytin arvion pohjana omaa retkeilyäni:<br />
-omia atlashavaintoja 4057 kpl<br />
-havainnointia karkeasti arvioiden kaksi tuntia joka päivä touko-heinäkuussa viiden vuoden ajan = 920 tuntia<br />
-havaintoja atlaksessa yhteensä 1179610 kpl<br />
-mediaanipalkka 2654 e/kk (Tilastokeskus 2009)<br />
-sivukulukerroin 1,5</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2011/04/lintuatlas-joukkoistaminen/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>0</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Cityhuuhkajan tavallinen päivä</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2011/03/cityhuuhkaja/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2011/03/cityhuuhkaja/#comments</comments>
		<pubDate>Thu, 03 Mar 2011 18:15:08 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Bio]]></category>
		<category><![CDATA[Kuva]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=297</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Cityhuuhkajan+tavallinen+p%C3%A4iv%C3%A4&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio&amp;rft.subject=Kuva&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2011-03-03&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2011/03/cityhuuhkaja/&amp;rft.language=English"></span>
Huuhkaja on taas viime päivinä viihtynyt Narinkkatorin liepeillä Helsingin keskustassa. Helsingin kantakaupungin alueella on jo vuosia elellyt useita huuhkajia, parhaimmillaan reviirejä lienee ollut 3-4 koiraalla tai pariskunnalla. Ravintoa on hyvin saatavilla: rottia, kaniineja ja puluja. Kevättalvi on helpoin aika nähdä ja kuulla huuhkajia. Kampin lintu on torkkunut päivisin hyvin näkyvillä etenkin Kampin kauppakeskuksen räystäillä, hotelli [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Cityhuuhkajan+tavallinen+p%C3%A4iv%C3%A4&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio&amp;rft.subject=Kuva&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2011-03-03&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2011/03/cityhuuhkaja/&amp;rft.language=English"></span>
<p>Huuhkaja on taas viime päivinä viihtynyt Narinkkatorin liepeillä Helsingin keskustassa. Helsingin kantakaupungin alueella on jo vuosia elellyt useita huuhkajia, parhaimmillaan reviirejä lienee ollut 3-4 koiraalla tai pariskunnalla. Ravintoa on hyvin saatavilla: rottia, kaniineja ja puluja.  </p>
<p>Kevättalvi on helpoin aika nähdä ja kuulla huuhkajia. Kampin lintu on torkkunut päivisin hyvin näkyvillä etenkin Kampin kauppakeskuksen räystäillä, hotelli Scandicin valomainostornissa ja Sokoksen katolla. Eilen huuhkaja intoutui  huutamaankin: matala &#8220;huu&#8221; kuului selvästi kaupungin hälinän yli, kun sitä osasi kuunnella.</p>
<p>Tämä onkin mielenkintoinen juttu huuhkajissa: useimmat helsinkiläiset ovat kuulleet cityhuuhkajista ja Bubista, mutta harva lienee niitä nähnyt tai kuullut. Narinkkatorin läpi kulkee kuitenkin jatkuva virta ihmisiä, valtaosa tietämättä että huuhkaja istuu kymmenen metriä korkeammalla hyvin näkyvissä ja kuultavissa, mikäli vain pysähtyisi ja katsoisi oikeaan suuntaan.</p>
<p>Tänään otin kaukoputken mukaan ja pystytin sen Narinkkatorin laidalle kesken iltapäiväruuhkan. Huuhkaja istui tuttuun tapaan kauppakeskuksen räystäällä. Muutaman minuutin kuluttua ensimmäinen ohikulkija &#8211; ulkomaalainen turisti &#8211; tuli kyselemään mitä katselen. Pian ympärille alkoi kerääntyä varovaisempia paikallisiakin. Kaikki olivat tohkeissaan, kameroita kaivettiin taskuista, kavereille soiteltiin ja joku liikuttui kyyneliin asti. Tavallinen päivä kaupungilla, ainakin huuhkajalle.</p>
<p><img src="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2011/03/huuhkaja_helsinki_kamppi.jpg" alt="" title="huuhkaja_helsinki_kamppi" width="650" height="450" class="alignnone size-full wp-image-300" /></p>
<p><em>Kampin huuhkaja kaukoputken läpi kamerakännykällä kuvattuna.</em></p>
<p>Kun joku katselee (kaukoputkella) ylöspäin, leviää kiinnostus ympäröiviinkin. Puolen tunnin aikana parikymmentä ihmistä tuli kyselemään mitä katselemme. Osa uskalsi kysyä voiko kaukoputkellakin katsoa, muutamat yrittivät ottaa huuhkajasta kuviakin putken läpi. Parhaimmillaan tuntui että joka toinen ohikulkija katseli tai osoitteli huuhkajan suuntaan.</p>
<p>Suurin spektaakkeli syntyi kun kauppakeskuksen parvekkeelle ilmaantui pari ikkunanpesijää. He eivät huomanneet huuhkajaa, mutta huuhkaja kyllä heidät. Aluksi se tarkkaili pesijöitä tiiviisti, mutta tuntui sitten menettävän mielenkiintonsa. Vasta kun pesijät olivat suoraan huuhkajan alla &#8211; ehkä 3-4 metrin päässä, se havahtui kunnolla, otti siivet alleen ja liiteli hieman kauemmaksi. Yleisön kohahti kuin urheilukisoissa, joissa kotijoukkue melkein teki maalin.</p>
<p>Kannattaa katsella kaupungilla välillä muutakin kuin varpaitaan tai kännykkäänsä. Huuhkaja lienee paikalla huomennakin.</p>
<p>PS. Pari Ilta-Sanomien toimittajaakin osui paikalle, kuvasi huuhkajaa putken läpi ja sanoi tekevänsä <a href="http://www.iltasanomat.fi/kotimaa/Onko%20se%20Bubi%20Huuhkaja%20kotiutui%20Kampin%20keskukseen%20Helsingiss%C3%A4/art-1288373386400.html">jutun verkkolehteen</a>. Saa nähdä miten tulkitsivat sanomiseni. (Lisäys: juttu julkaistiin illalla.)</p>
<p><img src="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2011/03/narinkkatori_huuhkaja.jpg" alt="" title="narinkkatori_huuhkaja" width="650" height="389" class="alignnone size-full wp-image-303" /></p>
<p><em>Huuhkajan ihmettelyä aiemmin päivällä.</em></p>
<p><img src="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2011/03/huuhkaja_danieguip_cc.jpg" alt="" title="huuhkaja_danieguip_cc" width="650" height="434" class="alignnone size-full wp-image-298" /></p>
<p><em>Espanjalainen huuhkaja. <br />Kuva <a href="http://www.flickr.com/people/danielguip/">danielguip</a>: <a href="http://www.flickr.com/photos/39512825@N00/141315356">Hibou grand duc (Bubo bubo)</a>. <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/">Creative Commons BY-NC-SA 2.0</a>.</em></p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2011/03/cityhuuhkaja/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>4</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Simple collection management system &#8220;Hyntikka&#8221;</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2010/11/collection-management-database-hyntikka/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2010/11/collection-management-database-hyntikka/#comments</comments>
		<pubDate>Wed, 10 Nov 2010 13:08:22 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Bio-info]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=276</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Simple+collection+management+system+%26%238220%3BHyntikka%26%238221%3B&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio-info&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-11-10&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/11/collection-management-database-hyntikka/&amp;rft.language=English"></span>
I&#8217;m building a simple collection management system Hyntikka* to be used mainly (or first) with insect collections of the Finnish Museum of Natural History. We currently don&#8217;t have any such system in place for insects. Plans to get (build/buy/modify) a more sophisticated museum-wide system are underway, but a practical system for insects is needed asap. [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Simple+collection+management+system+%26%238220%3BHyntikka%26%238221%3B&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio-info&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-11-10&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/11/collection-management-database-hyntikka/&amp;rft.language=English"></span>
<p>I&#8217;m building a simple collection management system Hyntikka* to be used mainly (or first) with insect collections of the Finnish Museum of Natural History. We currently don&#8217;t have any such system in place for insects. Plans to get (build/buy/modify) a more sophisticated museum-wide system are underway, but a practical system for insects is needed asap. Hopefully Hyntikka will either develop into better system, or help in figuring out what are the most important real-life needs for such a system and its user interface.</p>
<h3>Main features of Hyntikka</h3>
<ul>
<li>Browser-based user interface</li>
<li>Supports different types of GUID&#8217;s, currently HTTP URI&#8217;s and LSID&#8217;s</li>
<li>Data import from flat-file CSV-tables (ad hoc format)</li>
<li>Basic data validation (handling fatal and non-fatal errors separately)</li>
<li>Simple search tools</li>
<li>Label printing tools:
<ul>
<li>Creates either unique specimen labels from pre-entered data or labels<br />
        en masse with unchanging data (and unique ID&#8217;s)</li>
<li>Supports QRCode and Code 39 -barcodes</li>
<li>Templates for different kinds of labels (small, large, entomological,<br />
        botanical&#8230;)</li>
</ul>
</li>
<li>Persistent data structure: all versions of the data are preserved</li>
<li>Unicode support (UFT-8)</li>
<li>User authentication via Windows Active Directory</li>
<li>Full daily backups</li>
<li>Currently about 80 data fields. More can be added at ease.</li>
<li>Ability to handle data on different taxa (insects, plants, fungi&#8230;),<br />
    object types (specimens, direct or published observations&#8230;) levels (single<br />
    individuals, boxes, trays&#8230;) and primary &amp; secondary data.</li>
</ul>
<p>More powerful tools for querying, analyzing, publishing and sharing the data are being built in a separate data warehouse -project (Mustikka). Hyntikka will be connected to the warehouse with automatic ETL**-process using XML-files (ABCD-compatible FMNH2008-schema). Connection to LSID and HTTP URI -resolvers will be made directly or via the data warehouse.</p>
<p>Hyntikka does not contain tools for maintaining taxonomic information (hierarchy, synonyms…) about the names used with the specimens. Taxonomy will be taken care with a <a href="http://taxon.luomus.fi/">separate system</a>.</p>
<p>So far I have used roughly 5 weeks for building Hyntikka (under 10 months), with zero funding. Testing the system with pilot data (c. 15000 records) is underway. No online demo available, sorry.</p>
<p>Software used: PHP 5 with Codeigniter and Zend frameworks, SQL Server 2008, with some Javascript and Google Maps.</p>
<p><img src="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2010/11/hyntikka_sc.jpg" alt="" width="650" height="1187" class="alignright size-full wp-image-283" /></p>
<p>* Hyntikka = abbreviation for hyvin yksinkertainen kokoelmatietokanta, very simple collection database.<br />
** ETL = Extract-Transform-Load</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2010/11/collection-management-database-hyntikka/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>0</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Tieteellisen datan avoimuus: ongelmia ja ratkaisuja</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2010/10/tieteellinen-avoin-data/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2010/10/tieteellinen-avoin-data/#comments</comments>
		<pubDate>Fri, 22 Oct 2010 09:11:58 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Web]]></category>
		<category><![CDATA[Yleinen]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=270</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Tieteellisen+datan+avoimuus%3A+ongelmia+ja+ratkaisuja&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Web&amp;rft.subject=Yleinen&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-10-22&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/10/tieteellinen-avoin-data/&amp;rft.language=English"></span>
Keskustelu tiedon ja datan avoimuudesta on nousussa (ks. esim. Julkinen data -kirja). Päätöksentekoon ja hallintoon liittyvästä datasta puhutaan paljon, mutta julkishallinnolla on hallussaan myös paljon tieteellistä tutkimusdataa. Biologina tiedän etenkin ympäristöhallinnon ja ympäristöön liittyviä viranomaistoimia harjoittavien organisaatioiden datasta. Tieteellisen ympäristödatan avoimuuteen liittyy omanlaisiaan ongelmia: Rahoitus ja urakehitys kohdistuvat tutkimusartikkeleiden tekijöille. Datan kerääjää ja julkaisijaa ei [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Tieteellisen+datan+avoimuus%3A+ongelmia+ja+ratkaisuja&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Web&amp;rft.subject=Yleinen&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-10-22&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/10/tieteellinen-avoin-data/&amp;rft.language=English"></span>
<p>Keskustelu tiedon ja datan avoimuudesta on nousussa (ks. esim. <a href="http://julkinendata.fi/">Julkinen data -kirja</a>). Päätöksentekoon ja hallintoon liittyvästä datasta puhutaan paljon, mutta julkishallinnolla on hallussaan myös paljon tieteellistä tutkimusdataa. Biologina tiedän etenkin ympäristöhallinnon ja ympäristöön liittyviä viranomaistoimia harjoittavien organisaatioiden datasta. Tieteellisen ympäristödatan avoimuuteen liittyy omanlaisiaan ongelmia:</p>
<p><strong>Rahoitus ja urakehitys </strong>kohdistuvat tutkimusartikkeleiden tekijöille. Datan kerääjää ja julkaisijaa ei palkita. Datan julkaisemisesta voi siten olla haittaa; jos joku muu ehtii tuottaa sen pohjalta artikkelin ensimmäisenä, ei muiden tutkimus enää saakaan huomiota tai edes pääse julkaistavaksi. (Tämän todellista vaaraa on tosin kritisoitu.)</p>
<p>Joskus kuulee puhuttavan päällekkäisen työn välttämisestä. Ilman perusteluja tämä kuitenkin kuulostaa edellisen kohdan peittelyltä; ei haluta että kukaan muu käyttää dataa samantyyppisessä tutkimuksessa kuin mitä itsellä on meneillään, jotta kilpailua olisi vähemmän.</p>
<p><strong>Datan käyttäminen väärin </strong>nähdään usein uhkana. Datan kerääjä voi haluta varmistua että käyttäjä ymmärtää todella aihealuetta, tuntee datan ongelmakohdat ja puutteet, eikä vedä johtopäätöksiä ottamatta puutteita huomioon.</p>
<p>Toinen väärinkäytön pelko liittyy luontoselvityksiin. Tavallinen tapa tehdä luontoselvitys on mennä maastoon tekemään kartoitus sopivilla menetelmillä ja työvoimalla. Jos avointa dataa samalta alueelta on kuitenkin saatavilla, on houkutuksena jättää hintavat maastotyöt tekemättä ja käyttää vain olemassa olevaa dataa, riippumatta siitä kuinka puutteellista se on (esim. kerätty selvityksen kannalta väärään aikaan, epäsystemaattisesti ja epäkattavasti).</p>
<p><strong>Suojelunäkökohdat</strong>. Etenkin tarkan sijainnin julkaiseminen uhanalaisista (esim. muuttohaukka) tai ristiriitoja herättävistä lajeista (esim. merimetso, maakotka) saattaa edistää häirintää, salametsästystä ja munien keräämistä myyntitarkoituksiin. Jotkin lajit saattavat pesiä samoilla paikoilla sukupolvesta toiseen jopa satoja vuosia, joten parinkymmenen vuoden suoja-aikakaan ei välttämättä estä väärinkäyttöä.</p>
<p>Periaatteellisella tasolla tutkimusdatan avoimuutta on edistetty (esim. <a href="http://www.luomus.fi/keskusmuseo/avoimuus.htm">keskusmuseon avoimuusperiaatteet</a>), mutta käytännön tasolla askeleet ovat olleet pieniä. Avoimuus nähdään monesti vain sähköpostitse ammattilaisten välillä pyydettäessä tapahtuvana tiedonvaihtona: &#8220;Jos pyydät dataa perustellen, niin harkitsemme asiaa ja ehkä lähetämme sen Excel-taulukkona&#8221;.</p>
<p>Parhaimmillaan avoimuus olisi kuitenkin oletusarvoista ja data olisi kaikkien saatavilla koneluettavassa muodossa. Miten tällaista avoimuutta voisi edistää?</p>
<p><strong>Muuttamalla rahoitusmalleja</strong>. Organisaatioiden tuloksellisuutta voisi mitata paitsi julkaistujen tutkimusartikkelien myös avoimesti julkaistun datan määrällä ja laadulla.</p>
<p><strong>Asettamalla avoimuusvaatimuksia </strong>rahoitukselle ja julkaisemiselle. Joillakin aloilla rahoittajat ja tieteellisten julkaisujen kustantajat vaativat jo datan saattamista avoimesti saataville. Tämän kuitenkin pitäisi levitä laajemmalle, etenkin kustantajien piirissä. Muuten julkaiseminen tahtoo suuntautua niihin lehtiin jotka eivät vaadi avoimuutta.</p>
<p><strong>Muuttamalla kirjoittaja- ja siteerauskäytäntöjä </strong>tieteellisissä julkaisuissa. Voitaisiin esimerkiksi vaatia että datan kerääjät ovat mukana kirjoittajien nimiluettelossa, jolloin hekin saisivat uuden rivin julkaisuluetteloonsa ja lisäpisteitä rahanjakolaskelmiin.</p>
<p>Luomalla selkeät ja tieteellisesti perustellut <strong>salausperiaatteet </strong>sekä suoja-ajat suojelun kannalta oleelliselle datalle.</p>
<p>Asettamalla <strong>tiukemmat vaatimukset </strong>luontoselvitysten pohjana käytettävälle datalle.</p>
<p>Tarjoamalla <strong>hyödyllisiä esimerkkejä </strong>siitä mitä avoimella datalla voisi tehdä. Ajatus datan automaattisesta jatkojalostamisesta lienee monille vieras, varsinkin jos oletetaan että sitä tekisivät muut kuin alan ammattilaiset. Toteutetut esimerkit valaisisivat asiaa paremmin kuin pelkkä puhe.</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2010/10/tieteellinen-avoin-data/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>8</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Eduskuntarajapinnan jälkivaikutuksia</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2010/10/eduskuntarajapinnan-jalkivaikutuksia/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2010/10/eduskuntarajapinnan-jalkivaikutuksia/#comments</comments>
		<pubDate>Thu, 21 Oct 2010 18:08:13 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Web]]></category>
		<category><![CDATA[Yleinen]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=264</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Eduskuntarajapinnan+j%C3%A4lkivaikutuksia&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Web&amp;rft.subject=Yleinen&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-10-21&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/10/eduskuntarajapinnan-jalkivaikutuksia/&amp;rft.language=English"></span>
Eduskuntarajapinnan kehitys lähti liikkeelle kokeiluna, herätti innostusta muissa ja sitten taas minussa, ja päätyi lopulta Apps4Finland -kisan indie-sarjan voittajaksi. Jesh! Tämä ei toivottavasti kuitenkaan ole huipennus, vaan parhaimmillaan rajapinta voisi olla yhtenä osana mukana tuomassa demokratiaa lähemmäksi nykypäivää. Apps4Finlandin ja nettikansa-tapahtuman ansiosta ryhmä demokratiasta ja tekniikasta kiinnostuneita löysi toisensa ja on jo muutamaan kertaan kokoontunut [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Eduskuntarajapinnan+j%C3%A4lkivaikutuksia&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Web&amp;rft.subject=Yleinen&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-10-21&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/10/eduskuntarajapinnan-jalkivaikutuksia/&amp;rft.language=English"></span>
<p><img src="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2010/10/apps4finland.jpg" alt="" title="apps4finland" width="200" height="284" class="alignright size-full wp-image-265" style="float: right;" /> Eduskuntarajapinnan kehitys lähti liikkeelle <a href="http://www.biomi.org/blogi/2010/03/eduskunta-api/">kokeiluna</a>, herätti <a href="http://www.qaiku.com/home/mikkohei13/show/f96094a42d5911dfb84e1f330b2c54585458/">innostusta</a> muissa ja sitten taas minussa, ja päätyi lopulta Apps4Finland -kisan indie-sarjan <a href="http://www.verkkodemokratia.fi/apps4finland/fi/tuomaristo">voittajaksi</a>. Jesh!</p>
<p>Tämä ei toivottavasti kuitenkaan ole huipennus, vaan parhaimmillaan rajapinta voisi olla yhtenä osana mukana tuomassa demokratiaa lähemmäksi nykypäivää. Apps4Finlandin ja <a href="http://www.mahdollista.fi/nettiajan-kansalaisyhteiskunta-leiripaiva/">nettikansa-tapahtuman</a> ansiosta ryhmä demokratiasta ja tekniikasta kiinnostuneita <a href="http://www.mahdollista.fi/2010/10/13/verkostoitumisesta-toimintaan/">löysi toisensa</a> ja on jo muutamaan kertaan kokoontunut pohtimaan eduskunnan ja muiden päätöksentekoelinten toiminnan avaamista kansalaisille nykyistä selkeämmin. Ilmassa on paljon innostusta ja ajatuksia. Myös eduskunnan väkeä on mukana keskustelussa. Jatkoa seuraa <a href="http://www.mahdollista.fi/">mahdollista.fi</a> -sivustolla lähiaikoina.</p>
<p>Kiitos Apps4Finlandin ja Nettikansa-tapahtuman järjestäjille ja kaikille muille kannustaville ihmisille, etenkin Qaikulaisille!</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2010/10/eduskuntarajapinnan-jalkivaikutuksia/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>1</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Kustomoitu viivakoodinlukija Androidiin</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2010/08/kustomoitu-viivakoodinlukija-androidiin/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2010/08/kustomoitu-viivakoodinlukija-androidiin/#comments</comments>
		<pubDate>Thu, 19 Aug 2010 13:10:58 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Suunnittelu]]></category>
		<category><![CDATA[Web]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=257</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Kustomoitu+viivakoodinlukija+Androidiin&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Suunnittelu&amp;rft.subject=Web&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-08-19&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/08/kustomoitu-viivakoodinlukija-androidiin/&amp;rft.language=English"></span>
Android-puhelimiin on tarjolla paljon viivakoodinlukijoita. Useimmat yrittävät automaattisesti hakea viivakoodin perusteella tuotteita verkkokaupoista, Googlesta yms. Miten puhelimen saisi käsittelemään viivakoodeja haluamallaan tavalla? Esim. hakemaan museonäytteiden tietoja museon omasta tietokannasta? Barcode Scanner -sovelluksessa on periaatteessa Custom search URL -toiminto, mutta en saanut sitä toimimaan. Toinen vaihtoehto on käyttää kokonaan omaa skriptiä skannerin ohjaamiseen. Matt Cuttsin blogin [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Kustomoitu+viivakoodinlukija+Androidiin&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Suunnittelu&amp;rft.subject=Web&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-08-19&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/08/kustomoitu-viivakoodinlukija-androidiin/&amp;rft.language=English"></span>
<p>Android-puhelimiin on tarjolla paljon viivakoodinlukijoita. Useimmat yrittävät automaattisesti hakea viivakoodin perusteella tuotteita verkkokaupoista, Googlesta yms. Miten puhelimen saisi käsittelemään viivakoodeja haluamallaan tavalla? Esim. hakemaan museonäytteiden tietoja museon omasta tietokannasta?</p>
<p>Barcode Scanner -sovelluksessa on periaatteessa Custom search URL -toiminto, mutta en saanut sitä toimimaan. Toinen vaihtoehto on käyttää kokonaan omaa skriptiä skannerin ohjaamiseen. Matt Cuttsin blogin kommenteissa <a href="http://www.mattcutts.com/blog/android-barcode-scanner/#comment-558266">Carl M</a>:lla on tähän lähes valmis skripti. (Muita ko. sivun skriptejä en saanut toimimaan.)</p>
<p>Koodinlukijan saa toimimaan haluamallaan tavalla seuraavasti:</p>
<p>1) Asenna <a href="http://code.google.com/p/android-scripting/">Scripting Layer for Android</a>.</p>
<p>2) Asenna <a href="http://code.google.com/p/android-scripting/wiki/InstallingInterpreters">Python-tulkki</a>.</p>
<p>3) Luo uusi skripti, johon kirjaat haluamasi osoitteen:</p>
<p><code>import android<br />
droid = android.Android()<br />
(id, result, error) = droid.scanBarcode()<br />
code = str(result['extras']['SCAN_RESULT'])<br />
url = "http://www.example.com/%s" % code<br />
droid.view(url)</code></p>
<p>4) Käyttöä helpottamaan tee pikakuvake tähän skriptiin.</p>
<p>Em. skriptin saa puhelimeen tällä viivakoodilla:</p>
<p><img src="http://www.biomi.org/blogi/wp-content/uploads/2010/08/barcode-code.png" alt="" title="Viivakoodi-koodi" width="260" height="260" class="alignnone size-full wp-image-259" /></p>
<p>Kännykkä lukee QRCode-viivakoodeja yllättäväkin hyvin. Viivakoodin kevyt suttaaminen, taittaminen tai luku lasin takaa ei haittaa. Sen sijaan yksiulotteisen Code 39 -viivakoodin lukeminen on paljon epävarmempaa ja vaatii suurta kokoa, automaattitarkennusta ja vakaata kättä.</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2010/08/kustomoitu-viivakoodinlukija-androidiin/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>0</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Valkoselkätikasta, arvoista ja Suomesta</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2010/07/valkoselkatikka-arvo/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2010/07/valkoselkatikka-arvo/#comments</comments>
		<pubDate>Tue, 20 Jul 2010 18:56:59 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Bio]]></category>
		<category><![CDATA[Yleinen]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=254</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Valkoselk%C3%A4tikasta%2C+arvoista+ja+Suomesta&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio&amp;rft.subject=Yleinen&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-07-20&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/07/valkoselkatikka-arvo/&amp;rft.language=English"></span>
Tarvitseeko valkoselkätikkoja suojella Suomessa, kun samaa lajia esiintyy myös Venäjällä? Tarvitseeko suomalaista kulttuuria tukea, kun melkein samanlaista on Virossa? Tarvitaanko Suomessa jääkiekkoa, kun kiekkoilijoita on myös Ruotsissa? Onko tärkeää että Nokialla menee hyvin, onhan meillä Apple?]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Valkoselk%C3%A4tikasta%2C+arvoista+ja+Suomesta&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio&amp;rft.subject=Yleinen&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-07-20&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/07/valkoselkatikka-arvo/&amp;rft.language=English"></span>
<p>Tarvitseeko valkoselkätikkoja suojella Suomessa, kun samaa lajia esiintyy myös Venäjällä?</p>
<p>Tarvitseeko suomalaista kulttuuria tukea, kun melkein samanlaista on Virossa?</p>
<p>Tarvitaanko Suomessa jääkiekkoa, kun kiekkoilijoita on myös Ruotsissa?</p>
<p>Onko tärkeää että Nokialla menee hyvin, onhan meillä Apple?</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2010/07/valkoselkatikka-arvo/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>3</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Rajapinta Eduskunnan äänestystietoihin</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2010/03/eduskunta-api/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2010/03/eduskunta-api/#comments</comments>
		<pubDate>Thu, 11 Mar 2010 21:25:58 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Web]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=249</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Rajapinta+Eduskunnan+%C3%A4%C3%A4nestystietoihin&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Web&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-03-12&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/03/eduskunta-api/&amp;rft.language=English"></span>
Halusin kokeilla harrastusmielessä uutta ohjelmointiprojektia; jotakin joka ei liity biologiaan (=töihin), ja jossa voisi kehittää uusia taitoja. Myös datan avoin julkaiseminen kiinnosti (vastapainoksi kädenväännölle julkisuudesta tiedontuottajien kanssa). Dataopasta lukiessa mielenkiintoni heräsi viranomaisdataa kohtaan ja viimeistään Samuli Sairasen Eduskunnan vahtikoira -idea saivat innostumaan rajapinnan tekemisestä Eduskunnan äänestystietoihin. Alkujaan ajattelin että joku olisi jo tehnyt tällaisen, mutta [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Rajapinta+Eduskunnan+%C3%A4%C3%A4nestystietoihin&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Web&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-03-12&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/03/eduskunta-api/&amp;rft.language=English"></span>
<p>Halusin kokeilla harrastusmielessä uutta ohjelmointiprojektia; jotakin joka ei liity biologiaan (=töihin), ja jossa voisi kehittää uusia taitoja. Myös datan avoin julkaiseminen kiinnosti (vastapainoksi kädenväännölle julkisuudesta tiedontuottajien kanssa). <a href="http://dataopas.posterous.com/">Dataopasta</a> lukiessa mielenkiintoni heräsi viranomaisdataa kohtaan ja viimeistään Samuli Sairasen <a href="http://www.mindtrek.org/2009/node/116">Eduskunnan vahtikoira -idea</a> saivat innostumaan rajapinnan tekemisestä Eduskunnan äänestystietoihin. Alkujaan ajattelin että joku olisi jo tehnyt tällaisen, mutta en löytänyt tietoja julkaistuista toteutuksista. USA:ssa New York Times on kyllä tehnyt vastaavan <a href="http://developer.nytimes.com/docs/congress_api">Congress-API:n</a>.</p>
<p>No, pari tuntia <a href="http://simplehtmldom.sourceforge.net/">Simple HTML DOM -parserin</a> parissa tuotti hyviä tuloksia, ja nyt muutama viikko myöhemmin <a href="/eduskunta/eduskunta.html">yksinkertainen rajapinta (API) on käyttövalmis ja julkinen</a>. Katso esim. tiedot XML-muodossa tuoreimmasta äänestyksestä, <a href="http://www.biomi.org/eduskunta/?haku=aanestys&#038;id=a3_15-2010">ympäristönsuojelulain muuttamisesta</a>.</p>
<p>Rajapinnan päälle voi rakentaa kaikenlaista kivaa, helpoimmasta päästä vaikka em. <a href="http://www.biomi.org/tools/eduskunta/aanestys/a3_15-2010">äänestyksen tulokset värikkäässä muodossa</a>.</p>
<p>Eduskunta on kertomansa mukaan parhaillaan selvittämässä äänestysten ja muidenkin täysistuntotietojen rajapinnan toteutusvaihtoehtoja. Jotain vastaavaa, virallista ja laajempaa on siis tulossa, mutta aikataulusta en tiedä.</p>
<p>Kunnollinen rajapinta olisi joka tapauksessa huomattavasti monimutkaisempi (=hitaampi tehdä) kuin tässä julkaistu. Äänestykset eivät esimerkiksi aina ole niin suoraviivaisia kuin voisi kuvitella, esim. sähköisen viestinnän tietosuojalain muutoksesta (&#8220;Lex Nokia&#8221;) päätettiin <a href="http://www.eduskunta.fi/triphome/bin/vex3000.sh?TUNNISTE=HE+48/2008">seitsemässä erillisessä äänestyksessä</a>. Näiden välisten loogisten suhteiden pitäisi olla määriteltyinä rajapinnassa. Lisäksi moni muukin asia kuin pelkät äänestykset pitäisi saada esille rajapintana. Rajapinnan pysyvyyteen pitää myös panostaa.</p>
<p>Mutta tässä epävirallinen aloitus.</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2010/03/eduskunta-api/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>13</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Googlen katunäkymät luontoharrastuksessa</title>
		<link>http://www.biomi.org/blogi/2010/02/google-streetview-luonto/</link>
		<comments>http://www.biomi.org/blogi/2010/02/google-streetview-luonto/#comments</comments>
		<pubDate>Fri, 12 Feb 2010 10:55:38 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Mikko Heikkinen</dc:creator>
				<category><![CDATA[Bio]]></category>
		<category><![CDATA[Web]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://www.biomi.org/blogi/?p=244</guid>
		<description><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Googlen+katun%C3%A4kym%C3%A4t+luontoharrastuksessa&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio&amp;rft.subject=Web&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-02-12&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/02/google-streetview-luonto/&amp;rft.language=English"></span>
Google julkaisi tiistaina karttapalvelussaan katunäkymäkuvat Suomesta. Yllättävän suuri osa Suomesta on kuvattu: suurin osa asutuskeskuksien teistä sekä tärkeimmät tiet muualtakin. Kuvausalue ulottuu sorateillekin. Valokuvaus on tehty vuoden 2009 aikana, suunnilleen maalis-lokakuun välillä. Miten palvelua voisi hyödyntää luontoharrastuksessa ja -tutkimuksessa? Kuvien avulla voi suunnitella retkiä. Etenkin jos on tarkoitus etsiä tiettyä lajia tietyltä alueelta, voi kuvien [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[	
	<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&amp;rfr_id=info%3Asid%2Focoins.info%3Agenerator&amp;rft.title=Googlen+katun%C3%A4kym%C3%A4t+luontoharrastuksessa&amp;rft.aulast=Heikkinen&amp;rft.aufirst=Mikko&amp;rft.subject=Bio&amp;rft.subject=Web&amp;rft.source=biomi.org%2Fblogi&amp;rft.date=2010-02-12&amp;rft.type=blogPost&amp;rft.format=text&amp;rft.identifier=http://www.biomi.org/blogi/2010/02/google-streetview-luonto/&amp;rft.language=English"></span>
<p>Google julkaisi tiistaina <a href="http://maps.google.com/">karttapalvelussaan</a> katunäkymäkuvat Suomesta. Yllättävän suuri osa Suomesta on kuvattu: suurin osa asutuskeskuksien teistä sekä tärkeimmät tiet muualtakin. Kuvausalue ulottuu sorateillekin. Valokuvaus on tehty vuoden 2009 aikana, suunnilleen maalis-lokakuun välillä.</p>
<p>Miten palvelua voisi hyödyntää luontoharrastuksessa ja -tutkimuksessa? </p>
<p>Kuvien avulla voi suunnitella retkiä. Etenkin jos on tarkoitus etsiä tiettyä lajia tietyltä alueelta, voi kuvien perusteella <strong>etsiä lajeille sopivia elinympäristöjä</strong>. Karkean paikanvalinnan voi tehdä aluksi vaikka peruskartan avulla (karttapaikka). </p>
<p>Lajeja etsitään erilaisissa kartoitushankkeissa. Tämä vuosi on lintuatlaksen viimeinen vuosi, joten nyt on hyvä aika etsiä kartoitusruuduilta puuttuvia lajeja. Millä pellolla on sopivia pientareita peltolinnuille, mitkä ovat salaojitettuja?  Myös metsän rakenne (luonnonmetsä vai järsitty puupelto) tien reunassa selviää kuvista, vaikkakin ne tietysti sopivat paremmin avoimien alueiden tarkasteluun.</p>
<p>Kovakuoriaistutkijoiden ja -harrastajien sähköpostilistalla kuulemma kirjoitettiin kuvien sopivuudesta esim. niittyjen tarkasteluun: parhaimmillaan kuvista näkee mitä kasveja niityllä kasvaa. Tämä on tärkeää tiettyihin kasveihin sidoksissa olevien hyönteisten löytämiseen. Kaikki Googlen kuvat eivät vain ole kesäkaudelta.</p>
<p>Keväisistä kuvista voi päätellä mihin muodostuvat ensimmäiset <strong>sulapaikat</strong>, jotka sitten keräävät lintuja. Esim. <a href="http://maps.google.com/maps?f=q&#038;source=s_q&#038;hl=en&#038;geocode=&#038;q=helsinki,+finland&#038;sll=69.760907,27.018127&#038;sspn=0.781993,5.625&#038;ie=UTF8&#038;hq=&#038;hnear=Helsinki,+Finland&#038;ll=61.161415,25.979061&#038;spn=0.033906,0.175781&#038;z=14&#038;layer=c&#038;cbll=61.16138,25.978699&#038;panoid=MPAM4JqMEfwmlhW5FJ0DfA&#038;cbp=12,320.14,,0,10.14">Heinolan Nyynäistenlahdella</a> näkyy olevan jo muutama sulakohta (pieni etualalla, suuri taustalla liikennemerkin takana). Näitä voi kyllä päätellä peruskartankin avulla.</p>
<p>Kuvien perusteella voi myös etsiä <strong>näköalapaikkoja</strong>. Mistä olisi hyvä näkymä järvelle? Toisaalta lyhyt kävely pois autotieltä vie usein vielä paremmalle paikalle.</p>
<p>Kuvien avulla voi <strong>opastaa muita </strong>hyville retkikohteille, erityisesti jos kartan käyttö tuntuu liian hankalalta. ”Käänny tästä oikealle”. ”<a href="http://maps.google.com/maps?f=q&#038;source=s_q&#038;hl=en&#038;geocode=&#038;sll=60.071572,24.600591&#038;sspn=0.140971,0.572319&#038;ie=UTF8&#038;hq=&#038;hnear=Kirkkonummi,+Finland&#038;layer=xc&#038;g=kirkkonummi,+finland&#038;ll=60.16013,24.477196&#038;spn=0.003758,0.703125&#038;z=12&#038;cbll=60.159538,24.47748&#038;panoid=cRJlZ2dfXSFDMKfBovCKRw&#038;cbp=12,210.94,,0,10.8">Tälle bussipysäkille kuulin huuhkajan</a>”.</p>
<p>Kuvien avulla voi myös <strong>etsiä pysäköintipaikkoja</strong>.</p>
<p>Katunäkymien käytölle perustuvan retkeilyn varjopuolena on että se keskittyy teiden varsille. Toisaalta näin on ollut tähänkin asti. Havaintoja kertyy eniten helppopääsyisiltä ja tunnetuilta paikoilta, ellei retkeilyä erityisesti kohdisteta tasaisesti kaikkialle.</p>
<p>Myös Eniron karttapalvelussa on katunäkymiä Suomesta, mutta vain muutamasta kaupungista. Retkien suunnitteluun voi hyödyntää monia muitakin verkkopalveluja, katso esim. juttua <a href="http://www.biomi.org/blogi/2009/03/luontoretki_20/">Luontoretki 2.0</a>. </p>
<p><strong>PS.</strong> Uusi pinnojenkeruumuoto: kuinka monta lintu/kasvi/nisäkäslajia löydät Suomen kuvista?</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://www.biomi.org/blogi/2010/02/google-streetview-luonto/feed/</wfw:commentRss>
		<slash:comments>2</slash:comments>
		</item>
	</channel>
</rss>

