Luonto ei myöskään aina sovi ihmisen havittelemaan selkeään muottiin, vaan eliöt kulkevat omia polkujaan. Aina ei ole selvää mikä “laji” on. Sanonnan mukaan lajin määrittely voi aluksi ihmisen mielestä vaikuttaa helpolta, koska ihminen itse on niin selkeästi oma lajinsa. Muilla eliöillä asia ei useinkaan ole näin. Esimerkiksi kasveilla uusia lajeja syntyy yleisesti risteytymällä. Jakautumalla lisääntyville bakteereille tarvitaan myös oma lajin määritelmä.

Lisäksi lajit pitäisi saada luokiteltua selkeäksi hierarkkiseksi tai puumaiseksi järjestelmäksi niiden kehityshistorian mukaan. Tämäkään ei ole helppoa koska aikaisemmin tapahtunutta kehitystä ei voida palata katsomaan, vaan luokittelu on perustettava nykyisin elävien eliöiden ja fossiilien vertailuun. Tuloksena voi olla selkeä näkemys, mutta usein kuitenkin monta hieman erilaista, kilpailevaa luokittelumallia.

Koko eliökunnan rakennetta yrittää selvittää suuri joukko tutkijoita, taksonomeja. Vuosien varrella kertynyt tutkimustieto on pirstoutunut erilaisiin tieteellisiin julkaisuihin. Tutkimustyön pohjana käytetyt eliönäytteet ovat myös hajallaan museoissa ja muissa laitoksissa ympäri maailmaa. Näytteitä digitoidaan ja laitetaan verkkoon saataville, mutta mitä tehdä tutkimustiedolle? Jotta tietoa voitaisiin helposti käyttää hyväksi muun biologian pohjana, parasta olisi että luotaisiin verkkoon avoin tietolähde, jossa tarjottaisiin kulloisenkin parhaan tietämyksen mukainen luokittelumalli. Tämä ajatus on esitetty nimellä Unitary taxonomy (UT), suomennettuna ehkä yhtenäinen taksonomia (ks. tarkemmin Scoble 2004: Unitary or Unified Taxonomy? Philosophical Transactions of the Royal Society B, Biological Sciences 359:699-710).

UT:n ideana on yhdistää konsensuksena syntynyt yksi luokittelumalli (jollekin eliöryhmälle) sekä internetin käyttö tiedon levitystapana. Malli säilyttäisi suuren osan nykyisistä taksonomian pelisäännöistä (jotka määritellään mm. kansainvälisissä nimistösäännöissä), mutta muuttaisi joitakin luokittelun virtaviivaistamiseksi.

Suurin muutos koskisi vanhojen nimien käyttöä, ns. prioriteettisääntöä. Säännön mukaan vanhin eliölle annettu nimi on se ainoa oikea. Tämä voi aiheuttaa runsaastikin lisätyötä kun vanhinta nimeä täytyy etsiä jopa satoja vuosia vanhoista julkaisuista. UT-mallissakin vanhoja nimiä kyllä etsittäisiin, mutta peli vihellettäisiin poikki jossain vaiheessa. Löydetyistä nimistä tehtäisiin virallinen lista. Tämän jälkeen löytyneitä vielä vanhempia nimiä ei enää otettaisi huomioon. Bakteerien ja virusten nimistä viralliset nimilistat on jo tehty. Myös eläinten nimistösääntöjen uusimmassa versiossa ollaan menossa tähän suuntaan.

Lisäksi tutkimustulokset olisi voitava julkaista suoraan internetissä (mielellään avoimen tieteen periaatteiden mukaisesti), sen sijaan että nykyisten sääntöjen mukaan ne täytyy julkaista paperille painettuna. Tällöin julkaisun sisältöä voisi myös täydentää ja päivittää pikku hiljaa tiedon lisääntyessä, sen sijaan että nykyiseen tapaan aineistoa kerätään harvoin julkaistaviin suuriin kokonaisuuksiin. Myös konsensus jonkin eliöryhmän luokittelusta syntyisi verkkojulkaisujen tukemana ja tiedeyhteisön yhteispelinä.

Uusien lajien nimet pitäisi myös rekisteröidä; näin ne saataisiin varmemmin välitettyä kaikkien tietoisuuteen.

UT-mallin periaatteita sovelletaan jo erilaisissa verkkopalveluissa. Scoble luettelee artikkelissaan monia sivustoja tiukan tieteellisistä nimistötietokannoista suurelle yleisölle suunnattuihin sivustoihin ja päätyy ehdotukseen: nyt olisi aika kokeilla verkkoa ensisijaisena julkaisukanavana, onhan luonnontiede pohjimmiltaan kokeilua.

Mikroformaatti mahdollistaisi nimien helpon poimimisen html-sivusta ja sen käsittelemisen koneelisesti. Yksi aiemminkin pohtimani sovelluskohde olisi lintujen nimien automaattinen suomennos: automaattiskripti (esim. Firefox extension tai Greasemonkey-skripti) voisi poimia verkkosivujen tekstistä lintujen tieteelliset ja englanninkieliset nimet, tehdä niillä haun suomenkieliseen nimilistaan ja lisätä perään lajinimen suomeksi.

Mikroformaattia suunnitellaan paitsi lajeille, myös melkein kaikille mahdollisille taksoneille, niiden yhdistelmille (hybridit ja lajiryhmät) sekä muuhun nimiin liittyvään tietoon (esim. auktorit ja kuvausvuosi). Tämä tuo mukanaan myös perinteiset eliölajien nimiin liittyvät ongelmat. Esim. eläimillä ja kasveilla on toisistaan poikkeavat nimistösäännöt, eri taksoneilla voi olla sama nimi (Oenanthe on sekä lintu- että kasvisuku).

Helpotusta nimien tunnistamiseen voisi tuoda TDWG:n GUID-ehdotus (Global Unique Identifier), joka määrittelisi jokaiselle taksonille oman, yksilöllisen ja muuttumattoman tunnisteen. Tästä lisää myöhemmin.

(Species -mikroformaattiluonnoksen esittely ja keskustelua)

Digitaalisten kuvatiedostojen hallinta on tärkeä osa biologisten näytteiden valokuvausprosessia. Hallinnassa tulee ottaa huomioon

1. Kuvaformaatit
2. Tiedostojen varastointi
3. Tiedostojen organisointi.

Tärkeimpiä seikkoja kuvien hallinnassa on niiden säilyvyyden varmistaminen.

Kuvien tallennus

Kuvaformaatit (tiedostotyypit) voidaan jakaa tietoa hävittäviin ja tietoa hävittämättömiin formaatteihin sekä avoimiin ja suljettuihin formaatteihin.

Useimmiten kuvatiedostoja pakataan tallennustilan säästämiseksi. Eri kuvaformaateissa käytetään erilaisia pakkausmenetelmiä. Tietoa hävittävässä formaatissa kuvatiedosto on pieni, mutta kuva muuttuu ja osa sen sisältämästä informaatiosta katoaa tallennettaessa (esim. JPG). Tietoa hävittämättömissä formaateissa kuva ei muutu, mutta vie enemmän tilaa (esim. TIFF (lzw-pakattuna), PNG, PSD).

Kuvia voi myös pakata ulkoisilla ohjelmilla, kuten WinZIP tai WinRAR. Nämä eivät hävitä kuvatiedoston informaatiota. Mitä tahansa pakkausmenetelmää käytetäänkin, on tärkeä kertoa metadatan yhteydessä mitä pakkaustapaa on käytetty ja miten kuvan saa purettua käyttöön.

Avoimilla formaateilla tarkoitetaan käytännössä niitä, joiden käyttö ei ole sidottu tietyn valmistajan ohjelmiin. Esim. JPG tai TIFF-kuvia voi katsella hyvin monilla ohjelmilla, kun taas PSD vaatii Photoshop-ohjelman käyttöä.

Tallennusprosessissa syntyvät kuvatiedostot voidaan jakaa kolmeen luokkaan:

1. Arkistotiedostot ovat kamerasta saatuja, muuttamattomia tiedostoja (yleensä RAW tai JPG). Ne pitäisi arkistoida alkuperäisessä muodossaan.
2. Master-tiedostot on tehty arkistotiedostoista muokkaamalla (esim. valotuksen säätö, kuvamontaasit). Ne pitäisi tallentaa tietoa hävittämättömässä muodossa (esim. TIFF).
3. Käyttötiedostot tehdään master-tiedostoista nopeaa jakelua varten (useimmiten vasta siinä vaiheessa kun jakelu on ajankohtaista). Tästä syystä pieni tiedostokoko on tavoiteltavaa, joten ne kannattaa tallentaa pakatussa tai ”laatoitetussa” muodossa (”tiled”, esim. JPG tai MrSID). Avoimen tiedostoformaatin käyttö helpottaa kuvan käyttämistä.

Kuvien organisointi

• Pidä tiedostonimet yksilöllisinä. Käytä aina kolmikirjaimista tiedostopäätettä.
• Kuvat kannattaa jakaa loogisiin hakemistoihin, mutta metadataa ei pidä tallentaa niiden nimiin.
• Liitä kuviin aina niitä kuvaileva metadata, joka kannattaa tallentaa kuvanhallintajärjestelmään.

Kuvien varastointi

Sopivin kuvien varastointi riippuu usein omasta organisaatiostasi. Varmuuskopiointi on tärkeää, mikään varastointitapa ei ole takuuvarma.

CD tai DVD-levyt

• Käytä laadukkaita, akistointiin tarkoitettuja levyjä
• Älä tallenna täydellä nopeudella
• Jos käytät kuvia säännöllisesti, tee arkistolevyn lisäksi erillinen käyttölevy
• Tarkista levyn toimivuus tallennuksen jälkeen
• Varastoi levyt viileässä, pimeässä ja kuivassa paikassa
• Tarkista levyt säännöllisesti ja kopioi niiden sisältä uusille levyille n. viiden vuoden välein
• Luo levylle arkistojärjestelmä, jotta löydät ne myöhemminkin. Talleta levyn sijainti kuvien metadataan

Kiintolevy

Varmuuskopioi kuvat myös muualle.

Verkkolevyt

Tämän käyttömahdollisuus- tai tapa riippuu omasta organisaatiostasi. Verkkolevyjen etuna ovat varmuuskopioinnin helppous ja se että kuvat ovat monen käyttäjän käytettävissä samanaikaisesti.

Kuvanhallinta- ja julkaisuohjelmistot

Pientä kuvakokoelmaa voi hallita ilman sitä varten suunniteltua ohjelmistoa, mutta kuvien määrän kasvaessa kuvanhallintaohjelmiston käyttö on suositeltavaa. Sopivan ohjelmiston valinta riippuu oman organisaatiosi tietojärjestelmistä.

Ohjelmistoja löytyy laidasta laitaan. Yksinkertaisimmissa on vain yksinkertaisia haku- tai selaustoimintoja. Laajimmissa ohjelmistoissa kuviin voidaan liittää monipuolista metadataa, jota voi käyttää kuvien etsimisessä, lajittelussa yms. sekä kuvien verkkojulkaisemisessa. Yksi ratkaisu on rakentaa ohjelmisto itse. Lisäksi on olemassa tiedostonhallintajärjestelmiä, joihin voidaan tallentaa muitakin tiedostoja kuin kuvia.

Artikkeli antaa suosituksia tyyppinäytteistä otettavien valokuvien metadatasta: mitä tietoja kannattaa tallentaa ja mihin sekä miten ne kannattaa jakaa verkossa. Suosituksia Käytä tietoja, jotka on esitetty joko standardissa DIG35 tai Z39.87. Kerro myös kameran tallentaman metadatan merkistökoodaus.

Minimitiedot:

Tallenna ainakin seuraavat tiedot kustakin kuvasta:

• Alkuperäinen digitointiresoluutio
• Alkuperäisen digitointiresoluution mittäyksikkö
• Alkuperäinen digitointikoko
• Alkuperäisen digitointikoon mittayksikkö
• Värimalli tai ICC-profiili
• Kuvauspäivämäärä
• Kuvausaika
• Tekijänoikeustiedot
• ”Biota of interest” (?)

Metadatastandardeja

EXIF:iä käytetään yleisesti kameran ja kuvaustilanteen teknisten tietojen tallentamiseen suoraan kuvatiedostoon. Useimmissa ohjelmointikielissä on tuki EXIF-tiedon käsittelyyn.

DIG35 on monipuolinen kuvametadatastandardi, joka on kuitenkin helppokäyttöinen koska suuri osa sen kentistä ei ole pakollisia.

Z39.87 on luonnosasteella oleva standardi. Se keskittyy lähes yksinomaan kuvausvälineen teknisiin tietoihin ja värinhallintaan. Koska Z39.87 ei tarjoa metadataa sisällön kuvailuun, sitä käytettäessä metadataa pitäisi täydentää jonkin muun standardin kentillä.

IPTC on kehitetty erityisesti median tarpeisiin. Se sisältää joitakin ontologisia elementtejä. Sen mukauttaminen biologiseen käyttöön ei liene järkevää koska muut ontologistandardit todennäköisesti tulevat suosituimmiksi.

TDWG UBIF ja SDD. TDWG:illa (Taxonomic Data Working Group) on useita luonnoksia metadatastandardeista, joita voi käyttää myös kuvien kuvailuun. UBIFaa (Unified Biological Information Schema:) ehdotetaan käytettäväksi internetissä vaihdettavan biologisen tiedon yleiseen kuvailuun. SDD (Structure of Descriptive Data) sopii objektien kuvailuun. Se tukee yhteisöllisesti tuettuja sanastoja taksonien kuvailuun.

JPEG2000 on uusi kuvanpakkausstandardi, joka tukee suurempaa määrää metadataa kuin nykyinen JPG-standardi.

Kuvametadatan hallinta - neuvoja

Älä liitä metadataa kuvien tai hakemistojen nimiin, ellet tallenna sitä myös muualle. On parempi käyttää lähes minkä tyyppistä tietokantaa kuin tallentaa tietoa pelkästään nimiin.

Kaikilla kuvilla pitäisi olla yksilöllinen tunniste (GUID, Globally Unique ID), jota voi myös käyttää primääriavaimena kuvanhallintatietokannassa. Tunnisteen pitäisi olla globaalisti yksilöllinen ja pysyvä ajan kuluessa. (Lisää GUID:ien vaatimuksista (ZIP-tiedosto))

Oikea tietokanta helpottaa metadatan tallennusta, säilömistä ja jakamista. Esim. usein toistuvat paikannimet kannattaa tallentaa omaan taulunsa, ja hakea ne käyttöön sieltä. Tämä vähentää erilaisista kirjoitusasuista johtuvia ongelmia. Kuvametadatan voi myös yhdistää suoraan kokoelmatietokantaan ja näin varmistaa tietojen eheyden.

Jos aiot julkaista metadataa verkossa, on suositeltavaa tehdä se XML-muodossa käyttäen sovittua sanastoa ja skeemaa. Monissa tietokannoissa on sisäänrakennettu XML-tuki (tai mahdollisuus sellaiseen).

Käytä kellonajoissa UTC-viitattuja aikoja. W3C suosittelee käytettäväksi ISO 8601 -standardia, johon aikavyöhykekin sisältyy.

Kuvien sisältämä EXIF-metadata kannattaa poimia niistä itsestään, jotta kuvaan ja metadatatietokantaan tallennetut tiedot eivät eroaisi toisistaan.

Maailman eliölajeista on eri arvioiden mukaan tieteellisesti kuvaamatta 50–98 %. Jotta kaikki lajit saataisiin kuvattua täytyy taksonomian tehostaa toimintojaan nykyisestä. Uutta tieto- ja viestintätekniikkaa voidaan käyttää apuna taksonomisen prosessin pullonkaulojen ja tehottomuuden poistamisessa. Taksonomia on voimakkaasti riippuvainen fyysisistä näytteistä ja niihin liittyvästä historiallisesta, usein hyvin vanhastakin kirjallisuudesta. Tämä voi olla osasyynä siihen että uutta tekniikkaa on otettu taksonomian alalla käyttöön hitaasti verrattuna esim. geenitutkimukseen.

Luonnontieteellisten museoiden näytekokoelmat sisältävät suuren määrän tietoa maapallon biodiversiteetistä. Osa näitä kokoelmia ovat tyyppinäytteet, jotka toimivat

a) julkaistun tieteellisen nimen kiinnekohtana (referenssinä) elävään maailmaan
b) malliesimerkkeinä taksonin rajautumisesta (exemplar of circumscription)

Tyyppinäytteet ovat oleellisia biologisten nimien määrittelyssä ja taksonien rajaamisessa. Taksonominen tutkimus on siksi hyvin riippuvainen niistä. (Ks. aiempi juttu tyyppinäytteistä)

Biologisia kokoelmia ei yleensä ole kerätty perustuen pitkäaikaisiin suunnitelmiin. Siksi yleensä on vaikeaa arvioida yksittäisen kokoelman maantieteellistä, taksonomista tai ajallista kattavuutta. Tuloksena tästä on että tyyppinäytteet (tyyppimateriaali) on jakautunut tuhansiin kokoelmiin eri puolille maailmaa. Useimmat näytteet on talletettu länsimaisiin kokoelmiin, vaikka suuri osa niistä on peräisin kehitysmaista, joiden biodiversiteetti on suurta.

Perinteisesti tyyppinäytteisiin perustuva tutkimus (esim. revisiot) on perustunut vierailuihin tyyppinäytteitä omistaviin kokoelmiin tai näytteiden lainaamiseen. Tietotekniikan avulla tiedon siirtäminen olisi kuitenkin helpompaa ja halvempaa kuin ihmisten tai fyysisten näytteiden liikuttelu. Lisäksi tietotekniikka tarjoaisi myös kehitysmaiden tutkijoille tasapuolisemman pääsyn länsimaissa sijaitseviin kokoelmiin.

Vuonna 2002 All Species Foundation julkaisi aloitteen sähköisistä tyypeistä (E-Type Initiative), jolla tarkoitetaan digitaalisia kuvia tyyppinäytteistä. Valokuvaus- kuvanmuokkaus- laajakaista- ja tietokantatekniikan kehitys on tehnyt näytteiden digitoinnista käytännöllistä ja tehokasta. Verkossa nähtävillä olevien tyyppinäytteiden määrä onkin jatkuvassa kasvussa (ks. lista joistakin tyyppinäytetietokannoista).

Jotta tiedeyhteisö pystyisi hyödyntämään näitä tietokantoja mahdollisimman tehokkaasti, tarvitaan pikaisesti

a) Metadatastandardeja kuvien dokumentoimiseksi
b) Kuvausprotokollia varmistamaan kuvien laatua
c) Tarkkoja suosituksia taksonomian asiantuntijoilta siitä mitä eri eliöryhmistä tulisi kuvata
d) Yksilöllisiä tunnisteita jokaiselle kuvalle (GUIDs, Globally unique Identifiers)
e) Keskitettyä rekisteriä tyyppinäytetietokannoista nopeita hakuja varten. GBIF ja TDWG ovat kehittämässä tähän työkaluja.

Kaikissa tilanteissa digitaalinen valokuva ei kuitenkaan korvaa itse näytteen tutkimista (esim. DNA-näytteenotossa). Se kuitenkin tekee taksonomisesta prosessista yleisesti nopeampaa ja halvempaa.

Taksonomia on tieteenala, joka järjestelee eliöitä hierarkkiseen ”sukupuuhun” niiden kehityshistorian mukaan. Tähän liittyy myös lajien määrittely. Kun uusi laji löydetään, kuvataan tieteelle ja nimetään, täytyy lajinimi sitoa johonkin konkreettiseen eliöön. Tätä eliötä kutsutaan tyyppinäytteeksi (tai tyyppiyksilöksi, tai tyypiksi). Ideaalitapauksessa tyyppinäyte on yksi yksilö, jolloin sitä kutsutaan holotyypiksi. Koska tyyppinäyte toimii ankkurina koko eliölajin määrittelyssä, on se tieteellisesti erityisen arvokas. Suurin osa tyyppinäytteistä (kuten muistakin museonäytteistä) on keskittynyt länsimaisiin museoihin, joissa keruuta on harjoitettu pisimpään.

Tyyppinäytteitä käytetään monenlaisissa eliöiden sukulaisuussuhteita selvittävissä tutkimuksissa, esimerkiksi kun tutkitaan onko löydetty yksilö uusi laji tai kun selvitetään suuremman ryhmän sukulaisuussuhteita uudelleen (ns. revisiot, esimerkki). Perinteisesti tyyppinäytteitä on tällaisissa tilanteissa lähetetty lainaksi tutkijoille. Lainaaminen vie kuitenkin aikaa ja pahimmillaan näytteet voivat kadota tai vaurioitua matkalla.

Viime aikoina kuvia ja muita tietoja tyyppinäytteistä on ryhdytty julkaisemaan verkossa (esimerkki), jotta lainausprosessilta vältyttäisiin ja tieto olisi paremmin saatavilla ympäri maailmaa. Imaging of Biological Type Specimens-kirja esittelee menetelmiä ja sääntöjä tyyppinäytetietokantojen luomiseen, keskittyen erityisesti eliöiden digitaaliseen valokuvaamiseen. Suurena unelmana on auttaa luomaan uutta taksonomista tietojärjestelmää, joka veisi koko taksonomian alaa eteenpäin.

Nykyään on olemassa runsaasti erilaisia taksonomista tietoa käyttäviä tietokantoja. Ongelmana on että niiden käyttämä nimistö eroaa toisistaan ja jopa saman tietokannan sisällä (samasta lajista voidaan käyttää eri nimiä). Lisäksi tietokannat eivät yleensä ole semanttisia, ts. niillä ei ole taksonomista älykkyyttä. Nimet ovat vain nimiä vailla kunnollista tietoa siitä miten ne liittyvät toisiinsa.

Eri tietokantojen taksonomisten tietojen yhdistely on myös hankalaa, koska yhteistä tiedonvälitysstandardia ei ole. Yhdistelystä olisi suurta hyötyä, koska minkä tietokannan näkökulmasta asiaa katsookin, on suurin osa tiedosta aina jossakin muussa tietokannassa.

LSID on standardiprotokolla (standardin laajassa merkityksessä), jonka avulla yksittäisiä tiedonmurusia voidaan merkitä ja tunnistaa. RDF taas on standardoitu XML-runko (framework), tiedonmurusten välisten merkityksien kuvailuun. Molempien etuna on että ne ovat helppokäyttöisiä ja siksi yleisessä käytössä. RDF:aa voidaan lisäksi täydentää lukuisilla säännellyillä sanastoilla, joita voi liittää mukaan RDF-tiedostoon. Tällainen on esim. Dublin Core.

Artikkelissa kirjoittaja ehdottaa että näiden kahden avulla voitaisiin tehokkaasti välittää taksonomista tietoa erilaisten verkkopalvelujen välillä. LSID toimisi käsiteltävän taksonin tunnisteena ja siihen liittyvä metadata (esim. auktori, taksonominen asema, tiedon lähde, erityyppiset synonyymit) välitettäisiin RDF:n ja säänneltyjen sanastojen avulla.

Taksonien välillä on monia erilaisia suhteita. Kirjoittaja ottaa erityisesti esille erilaiset synonyymit. RDF:n ja kirjoittajan esimerkiksi tekemän säännellyn sanaston (artikkelissa nimellä ”gla”) avulla erilaiset synonyymisuhteet voidaan kuvailla. Tämä mahdollistaa synonyymien etsimisen eri suunnista esim. RDQL-hakukielellä.

Artikkelissa esitellyt menetelmät helpottaisivat hajautettujen tiedonhakujen toimivuutta ja antaisivat taksonomisille nimille lisää sisältöä tuomalla niihin semantiikan mukaan.

Hajautettu tiedonhaku mahdollistaisi mm. sen että taksonomista tietoa käyttävän tietokannan (esim. lajihavaintotietokannan) ei tarvitsisi tallentaa taksonomista tietoa, vaan ainoastaan sopivan LSID:in*. Sen avulla kaikki tarvittava tieto voitaisiin noutaa sopivista taksonomisista tietokannoista RDF-muodossa.

*Tämä idea on esitelty kirjoittajan verkkosivuilla, http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/portal/lsid.php

Tunturipöllön nykyinen tieteellinen nimi on Bubo scandiacus. Aiemmin laji tunnettiin nimellä Nyctea scandiaca, joka on nykyisen nimen kantamuoto eli basionyymi. Semanttinen tietokanta ymmärtäisi nimien suhteen toisiinsa.
Kuva: Jason Hightower, käyttö Creative Commons -lisenssillä.

LSID on standardoitu URN (Uniform Resource Name) -protokolla (protocol, spesification, scheme), joka tarjoaa yksiselitteisen tavan erilaisten biologisten tietovarantojen (data resources) nimeämiseen ja tunnistamiseen. Jokaiselle nimettävälle kohteelle annetaan yksilöllinen nimi, jonka avulla sen voi tunnistaa sijainnista riippumatta. LSID-tunnisteen määrittelemä kohde on muuttumaton; muuttuessa sille määritellään uusi LSID-tunniste. Kohde voi olla esimerkiksi lajinimi, havaintotietue tai kokoelmayksilötietue.

LSID-protokolla määrittelee myös standarditavan datan löytämiseen (tästä lisää myöhemmin).

Jokainen LSID-tunniste koostuu viidestä osasta:

• verkkotunniste (Network Identifier (NID))
• nimeäjätahon nimi, tavallisesti juuritason DNS-nimi (root DNS name)
• nimeäjätahon valitsema nimiavaruus (namespace)
• yksilöllinen tunniste ko. nimiavaruudessa (object id)
• vapaaehtoinen versionumero (revision id).

Osia erottaa kaksoispiste. Esimerkki: urn:lsid:ncbi.nlm.nig.gov:GenBank:T48601:2 (entry GenBankissa, toinen versio).

LSID-tunnisteita voidaan käyttää esimerkiksi tunnistamaan ovatko eri lähteistä kootut tiedot samoja tai yksilöimään käytetyt tietolähteen yksiselitteisesti.

Lähteitä

• http://lsid.sourceforge.net/ [23.8.2006]
• http://www-128.ibm.com/developerworks/opensource/library/os-lsidbp/ [23.8.2006]
• http://www-128.ibm.com/developerworks/opensource/library/os-lsid2/ [23.8.2006]

Marylandin yliopiston tekemä TaxonTree-ohjelma tulee tässä apuun: sen avulla eläinten taksonomista sukupuuta voi selailla ja tutkia helposti (kunhan osaa englanninkieliset tai tieteelliset nimet). Kun tähän yhdistetään vielä Animal Diversity Webin tietosisältö, ei eläinten monimuotoisuuteen tutustuminen ole koskaan ollut yhtä vaivatonta.

Vaivattomuuden hintana on kuitenkin jonkinasteinen yksinkertaistaminen: vain yksi näkemys ryhmien luokittelusta esitellään. Ryhmien sukulaisuussuhteiden yksityiskohdista tai nimistä kun ei aina olla yksimielisiä ja ne molemmat voivat muuttua kun uutta tietoa kertyy. TaxonTreessä on myös mukana vain eläimiä; muut ryhmät on jätetty pois (toistaiseksi?).

TaxonTree-sukupuu Amiraaliperhosesta. Nopeimmin alkuun pääsee etsimällä haluttu ryhmä Animal Diversity Webistä ja klikkaamalla “Find in TaxonTree”-linkkiä.