Bio-info -arkisto
Taksonomian ongelmia ja eräs parannusehdotus
1.11.2007 klo 21.16 • Aihe: Bio-info • 1 kommentti
Eliöiden kuvailu ja luokittelu on monimutkaista. Eliölajeja on paljon ja niistä vain pieni osa tunnetaan nykyään. Tieteellisesti on kuvattu noin 1,8 miljoonaa eliölajia, mutta kaikkiaan lajeja arvioidaan yleensä olevan jotain 7-15 miljoonan väliltä (jotkin arviot yltävät 100 miljoonaan).
Luonto ei myöskään aina sovi ihmisen havittelemaan selkeään muottiin, vaan eliöt kulkevat omia polkujaan. Aina ei ole selvää […]
Mikroformaatti lajinimille
10.11.2006 klo 11.47 • Aihe: Bio-info, Web • Kommentoi
Mikroformaatteihin tutustuessani löysin biologien kannalta mielenkiintoisen luonnoksen. Species-mikroformaattia (nimi muuttumassa) suunnitellaan eliöiden (taksonien) nimien merkkaamiseen.
Mikroformaatti mahdollistaisi nimien helpon poimimisen html-sivusta ja sen käsittelemisen koneelisesti. Yksi aiemminkin pohtimani sovelluskohde olisi lintujen nimien automaattinen suomennos: automaattiskripti (esim. Firefox extension tai Greasemonkey-skripti) voisi poimia verkkosivujen tekstistä lintujen tieteelliset ja englanninkieliset nimet, tehdä niillä haun suomenkieliseen nimilistaan ja lisätä […]
Biologisten näytekuvien hallinta
7.11.2006 klo 17.15 • Aihe: Bio-info • 2 kommenttia
Yhteenveto artikkelista Crick, M.. 2005: Image File Management. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 41-55. Stuttgart. Saatavissa verkosta.
Digitaalisten kuvatiedostojen hallinta on tärkeä osa biologisten näytteiden valokuvausprosessia. Hallinnassa tulee ottaa huomioon
Kuvaformaatit
Tiedostojen varastointi
Tiedostojen organisointi.
Tärkeimpiä seikkoja kuvien […]
Biologisten näytevalokuvien metadata
1.11.2006 klo 18.32 • Aihe: Bio-info • 4 kommenttia
Yhteenveto artikkelista Morris, R. A. 2005: Image metadata standards and practices. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 19-34. Stuttgart. Saatavissa verkosta.
Artikkeli antaa suosituksia tyyppinäytteistä otettavien valokuvien metadatasta: mitä tietoja kannattaa tallentaa ja mihin […]
Sähköiset tyypit (E-Types)
24.10.2006 klo 14.24 • Aihe: Bio-info • 1 kommentti
Yhteenveto artikkelista Speers, L.. 2005: E-Types – A New Resource for Taxonomic Research. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 13-18. Stuttgart. Saatavilla verkosta (PDF)
Maailman eliölajeista on eri arvioiden mukaan tieteellisesti kuvaamatta 50–98 %. Jotta […]
Tyyppinäytteet verkkoon
13.10.2006 klo 16.07 • Aihe: Bio-info • 1 kommentti
Vapaamuotoinen yhteenveto artikkelista Häuser, C. L. & Scoble, Malcolm, J. 2005: Introduction. In: HÄUSER et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 1-6. Stuttgart. Saatavilla verkosta.
Taksonomia on tieteenala, joka järjestelee eliöitä hierarkkiseen ”sukupuuhun” niiden kehityshistorian mukaan. Tähän liittyy […]
Älykkään taksonomisen tiedon välitys LSID:n ja RDF:n avulla
6.10.2006 klo 0.04 • Aihe: Bio-info • Kommentoi
Tiivistelmä artikkelista Page, Roderic D. M. 2006: Taxonomic Names, Metadata, and the Semantic Web. Biodiversity Informatics, 3, 2006, pp. 1-15. [viitattu 2006-09-01]
Nykyään on olemassa runsaasti erilaisia taksonomista tietoa käyttäviä tietokantoja. Ongelmana on että niiden käyttämä nimistö eroaa toisistaan ja jopa saman tietokannan sisällä (samasta lajista voidaan käyttää eri nimiä). Lisäksi tietokannat eivät yleensä ole semanttisia, […]
Life Science Identifiers (LSID)
28.9.2006 klo 17.57 • Aihe: Bio, Bio-info • kommentointi suljettu
(Jatkossa tämän jutun kaltaiset bioinformatiikkaan liittyvät tekniset artikkelit löytyvät aiheen bio-info alta. Bio-aiheen alla julkaisen luontoon, ympäristöön tai yleisbiologiaan liittyvät jutut. Voit halutessasi lukea vain yhtä aihealuetta RSS-virtana.)
LSID on standardoitu URN (Uniform Resource Name) -protokolla (protocol, spesification, scheme), joka tarjoaa yksiselitteisen tavan erilaisten biologisten tietovarantojen (data resources) nimeämiseen ja tunnistamiseen. Jokaiselle nimettävälle kohteelle annetaan yksilöllinen […]
Eläinten sukupuu
1.9.2006 klo 0.19 • Aihe: Bio, Bio-info • Kommentoi
Taksonomia on tieteenala, joka järjestelee maapallon miljoonia eliölajeja hierarkkisiin ryhmiin niiden sukulaisuussuhteiden (kehityshistorian, evoluution) mukaan. Yleisimmin käytettyjä luokittelutasoja on seitsemän (kunta, pääjakso, luokka, lahko, heimo, suku ja laji), mutta niiden väliin mahtuu monta alajaksoa ja yläheimoa, joilla luokittelua voidaan tarkentaa. Kaikkien ryhmien sukulaisuussuhteita ei tunneta edes suunnilleen, mikä vaikeuttaa eliöiden sukupuun hahmottamista. Kattavan yleiskuvan saaminen […]
