Bio-info -arkisto
Zoterolla verkkoviitteet talteen
16.1.2009 klo 13.35 • Aihe: Bio-info, Web • Kommentoi
Tavallisten suosikkien hallinta selaimessa tuntuu usein hanakalalta, mutta vielä työläämpää on hallita tieteellisiä lähdeviitteitä. Niistä kun pitäisi tallentaa otsikon ja osoitteen lisäksi myös tekijän nimi ja lukupäivämäärä, mielellään myös koko sisältö siltä varalta että alkuperäinen katoaa verkosta. Avuksi tässä tulee Zotero, Firefoxin lisäpalikka, jolla voi tallettaa viitteitä yhdellä ja kokonaisia sivuja muutamalla klikkauksella.
Zotero osaa poimia [...]
Uutta kybertaksonomiassa
13.1.2009 klo 14.53 • Aihe: Bio-info • Kommentoi
“Kybertaksonomia” on taksonomisen tutkimuksen tekemistä käyttäen apuna uutta (verkko)tekniikkaa ja biodiversiteetti-informatiikka luonnon monimuotoisuuden tutkimista laskennallisin menetelmin. Kävin joulukuun alussa seminaarissa, jossa esiteltiin alan uusia tuulia ja työkaluja. Tässä minitiivistelmät osasta esityksiä. (Varsinaiset tiivistelmät seminaarin sivuilla.)
Why aren’t we there yet? The failures of biodiversity informatics, Roderic D. M. Page
Biodiversiteetti-informatiikka ei ole täyttänyt lupauksiaan. Datan automaattisessa yhdistelyssä [...]
Taksonomian ongelmia ja eräs parannusehdotus
1.11.2007 klo 21.16 • Aihe: Bio-info • Kommentoi
Eliöiden kuvailu ja luokittelu on monimutkaista. Eliölajeja on paljon ja niistä vain pieni osa tunnetaan nykyään. Tieteellisesti on kuvattu noin 1,8 miljoonaa eliölajia, mutta kaikkiaan lajeja arvioidaan yleensä olevan jotain 7-15 miljoonan väliltä (jotkin arviot yltävät 100 miljoonaan).
Luonto ei myöskään aina sovi ihmisen havittelemaan selkeään muottiin, vaan eliöt kulkevat omia polkujaan. Aina ei ole selvää [...]
Mikroformaatti lajinimille
10.11.2006 klo 11.47 • Aihe: Bio-info, Web • Kommentoi
Mikroformaatteihin tutustuessani löysin biologien kannalta mielenkiintoisen luonnoksen. Species-mikroformaattia (nimi muuttumassa) suunnitellaan eliöiden (taksonien) nimien merkkaamiseen.
Mikroformaatti mahdollistaisi nimien helpon poimimisen html-sivusta ja sen käsittelemisen koneelisesti. Yksi aiemminkin pohtimani sovelluskohde olisi lintujen nimien automaattinen suomennos: automaattiskripti (esim. Firefox extension tai Greasemonkey-skripti) voisi poimia verkkosivujen tekstistä lintujen tieteelliset ja englanninkieliset nimet, tehdä niillä haun suomenkieliseen nimilistaan ja lisätä [...]
Biologisten näytekuvien hallinta
7.11.2006 klo 17.15 • Aihe: Bio-info • 2 kommenttia
Yhteenveto artikkelista Crick, M.. 2005: Image File Management. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 41-55. Stuttgart. Saatavissa verkosta.
Digitaalisten kuvatiedostojen hallinta on tärkeä osa biologisten näytteiden valokuvausprosessia. Hallinnassa tulee ottaa huomioon
Kuvaformaatit
Tiedostojen varastointi
Tiedostojen organisointi.
Tärkeimpiä seikkoja kuvien [...]
Biologisten näytevalokuvien metadata
1.11.2006 klo 18.32 • Aihe: Bio-info • 1 kommentti
Yhteenveto artikkelista Morris, R. A. 2005: Image metadata standards and practices. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 19-34. Stuttgart. Saatavissa verkosta.
Artikkeli antaa suosituksia tyyppinäytteistä otettavien valokuvien metadatasta: mitä tietoja kannattaa tallentaa ja mihin [...]
Sähköiset tyypit (E-Types)
24.10.2006 klo 14.24 • Aihe: Bio-info • 1 kommentti
Yhteenveto artikkelista Speers, L.. 2005: E-Types – A New Resource for Taxonomic Research. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 13-18. Stuttgart. Saatavilla verkosta (PDF)
Maailman eliölajeista on eri arvioiden mukaan tieteellisesti kuvaamatta 50–98 %. Jotta [...]
Tyyppinäytteet verkkoon
13.10.2006 klo 16.07 • Aihe: Bio-info • 1 kommentti
Vapaamuotoinen yhteenveto artikkelista Häuser, C. L. & Scoble, Malcolm, J. 2005: Introduction. In: HÄUSER et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 1-6. Stuttgart. Saatavilla verkosta.
Taksonomia on tieteenala, joka järjestelee eliöitä hierarkkiseen ”sukupuuhun” niiden kehityshistorian mukaan. Tähän liittyy [...]
Älykkään taksonomisen tiedon välitys LSID:n ja RDF:n avulla
6.10.2006 klo 0.04 • Aihe: Bio-info • Kommentoi
Tiivistelmä artikkelista Page, Roderic D. M. 2006: Taxonomic Names, Metadata, and the Semantic Web. Biodiversity Informatics, 3, 2006, pp. 1-15. [viitattu 2006-09-01]
Nykyään on olemassa runsaasti erilaisia taksonomista tietoa käyttäviä tietokantoja. Ongelmana on että niiden käyttämä nimistö eroaa toisistaan ja jopa saman tietokannan sisällä (samasta lajista voidaan käyttää eri nimiä). Lisäksi tietokannat eivät yleensä ole semanttisia, [...]
Life Science Identifiers (LSID)
28.9.2006 klo 17.57 • Aihe: Bio, Bio-info • kommentointi suljettu
(Jatkossa tämän jutun kaltaiset bioinformatiikkaan liittyvät tekniset artikkelit löytyvät aiheen bio-info alta. Bio-aiheen alla julkaisen luontoon, ympäristöön tai yleisbiologiaan liittyvät jutut. Voit halutessasi lukea vain yhtä aihealuetta RSS-virtana.)
LSID on standardoitu URN (Uniform Resource Name) -protokolla (protocol, spesification, scheme), joka tarjoaa yksiselitteisen tavan erilaisten biologisten tietovarantojen (data resources) nimeämiseen ja tunnistamiseen. Jokaiselle nimettävälle kohteelle annetaan yksilöllinen [...]
